精灵历898年，雷斯塔特攻防战宣告守护者联盟政体瓦解。现守护者联盟三大地区划入神奇宝贝联盟的领土。
为实现和平、稳妥的发展策略，神奇宝贝联盟在这三个地区保留了“守护者联盟”的名称和部分权限，在对其加以限制的同时给予一定的政治自由，实行分线治国策略。
守护者联盟的解体标志着神奇宝贝联盟的国力达到了世界巅峰，正式成为全世界最强的联邦制政体。而神奇宝贝联盟与守护者联盟的战争被后世称为“两极争斗”时期。
3.强盛时期（el898–至今）
精灵历950年，新材料灰晶的发现标志着世界科技水平又一次飞跃期的开始。以此为起始点，神奇宝贝联盟制造出了计算力是以往计算机数万倍的超级电脑，并且因此开发出完善的激光武器、空间跳跃装置等。
精灵历953年，索米亚纳平原的三大王国组成北方联盟，宣布寻找到了“最正确的操控神奇宝贝的方式”，并且抵制神奇宝贝球，对神奇宝贝联盟北方边境进行骚扰，小型冲突不断。
精灵历958年，全球三维定位成像指引系统（别名天网）的建设完成。精灵历960年，以天网的指引能力为基础，超远距离重型战略激光狙击系统（别名达摩克利斯），这一超级武器在神奇宝贝联盟诞生。
精灵历976年，北方边境的冲突升级，演化为无法收拾的恶性事件。超级武器达摩克利斯首次发射成功，以北方联盟的首都为中心，方圆百里被夷为平地。
这一超级武器的首次亮相令全世界为之震惊。达摩克利斯的发明和成功发射，标志着神奇宝贝联盟在全世界不可撼动的地位正式建立。
精灵历980年，北方联盟解体。之后，与北方三大王国之一的帕拉索王国相邻的边境处，暴力冲突依旧不断，愈演愈烈。精灵历986年，帕拉索王国宣布与神奇宝贝联盟断绝一切外交合作关系，双方矛盾已不可调和。次年，神奇宝贝联盟对帕拉索王国宣战，两国进入交战状态。
战争持续了两年，神奇宝贝联盟付出了极大代价，将帕拉索王国彻底歼灭，所有带有其王室民族的相貌特征的国民皆被尽数屠杀。这一战被后世称为“索米亚纳歼灭战”。
自精灵历989年战争结束，世界局势有所缓和，大型的武装冲突基本不再发生。尽管付出了相当的人力和财力上的损失，但这一战在国际上为神奇宝贝联盟奠定了不可侵犯的形象，其影响意义十分深远。