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后深草天皇无奈退位，愤慨不已，干脆出家为僧。日本皇室有一个传统，将出家的前天皇称为法皇，所以后深草天皇从此被称为后深草法皇。
日本的皇室传统与中国不同，退位的天皇或是出家的法皇并非不问世事，而是依然可以随时对朝政建言，在关乎国运的重大问题上，他们的意见往往更加得到重视，在任的天皇总要请他们回朝议事，经过一番斗争再复位的也屡见不鲜。而且出家也不耽误他们与妻妾生孩子，有的还连生好几个，算得上一大异象。
后深草法皇也不例外，虽已出家，但仍然对自己遭受的无端指责和失去的皇位耿耿于怀。后嵯峨天皇去世后，后深草法皇立即有所动作，派人偷偷与镰仓幕府执政的北条氏取得联系，争取支持，想做复位天皇。
北条氏积极回应了后深草法皇的要求，对龟山天皇的皇位正当性提出质疑，后深草法皇也随即推波助澜，即后世所称的持明院统和大觉寺统的两统纷争。几番争斗下，龟山天皇没办法得到幕府的支持，只得被迫妥协，但也没让后深草法皇复辟，而是主动让位于年仅八岁的后宇多天皇，自己执院政。
日本现任天皇世系的大致脉络暂时说到这里，再来谈谈如今的镰仓幕府。
公元1192年，源氏武士家族的首领源赖朝取得豪强北条氏支持，击败武士家族平氏建立镰仓幕府，源赖朝的老婆北条政子在源赖朝死后虽按照当时的惯例出家为尼，但作为新任将军的监护人掌握了幕府实权，时人称为尼将军。
北条政子做了一件与汉高祖刘邦的老婆吕后一样的事情，就是提拔北条氏的子孙担任幕府要职。从此，北条氏便以外戚身份实际掌握了幕府政治的实权，代代世袭幕府执权一职，形成了所谓的执权政治，甚至在民间被称为执权大将军。幕府将军反而沦为了傀儡。北条氏的嫡流一脉被称为得宗，而得宗家的嫡长子世袭执权一职。
北条时赖继任第五代执权之后，通过几场大战，肃清了幕府内企图恢复将军权威、夺取北条氏执政地位的三浦氏一族等反对派势力。将得宗专权推向顶峰。
北条时赖笃信佛教，创立建长寺，请宋僧兰溪道隆为开山。其后参禅于圣一国师圆尔及兀庵普宁。康元元年(1256)，前往最明寺出家。以道隆和尚为戒师，号觉了房道崇。所以后世称之为最明寺殿。弘长三年(1263)，卒于最明寺北亭，年三十七。
北条时赖在最明寺出家时，便将执权之位让于第六代执权北条长时，并立嫡长子北条时宗为得宗。北条长时虽名为执权但是实权仍在出了家的北条时赖手中。
在位仅四年，北条长时即开始饱受病痛折磨，在位七年，北条长时因病出家，由其叔父北条政村出任执权。同年，北条长时在妙光寺以三十五岁之龄去世。
北条政村接位之际已是花甲之年。按照他与北条时赖的约定，先让年仅十四岁的北条时宗担任他的连署（即执权的副手），待北条时宗成年后即让位于北条时宗。
四年后，北条时宗十八岁，恰逢蒙古送国书到日本要求日本称臣纳贡，北条政村见事态严重，不是他可以应付的，于是声称北条时宗业已成年，他当谨守承诺，退位让贤。
有趣的一幕上演了。北条时宗和北条政村的官位刚好颠倒过来，北条时宗继位执权，北条政村则成了他的连署。
刚才说北条时宗是嫡长子，是因为北条时宗还有两个庶出的亲哥哥。其中真正的长子就叫北条时辅，可惜要加个庶字。一个宗一个辅，就此决定了北条时赖这两个儿子的命运。
按照日本的传统，庶长子并非全无继承家业的机会，前提就是嫡长子在生下儿子前早死或者嫡长子是个白痴。
北条时辅的母亲讃岐局是北条时赖的妾，而北条时宗的母亲葛西殿则是北条时赖的正妻。从北条时宗出世的那一天开始。北条时辅便感受到了自己作为庶长子与北条时宗这个嫡长子之间的天壤之别——明明他比弟弟大三岁，可幼名正寿丸的弟弟在七岁那年元服（武士的成人仪式）的时候取名叫相模太郎时宗，而他却只能叫做相模三郎时利。老三变成了老大，而真正的老大硬生生给排到了老三！明明他本来叫时利，但他爹为了让他安心给弟弟当辅助，而特意给他改名叫时辅。
这还不算，娶妻的差距更大。北条时宗十岁的时候与地位仅次于北条氏的安达义景之女成婚，（你没看错，就是十岁，汗！）而他与将军家的婚事却被父亲故意破坏，被迫做了下野国的乡下御家人（直属将军的武士，手下往往有人数不等的军队）小山氏的女婿。
北条时辅被父亲安排到京都的南方六波罗府任探提，后来，负责监视他的北方六波罗府探提北条时茂去世，幕府迟迟没有决定继位人选，北条时辅便趁机悄悄地发展自己的势力。
九州豪族名越一族其实也出身于北条氏，与北条时辅一样是庶出，因居于名越这个地方而改为名越氏，长期反对北条得宗的势力。名越一族占据九州多国守护之职，势力强大，九州基本上处于名越一族的控制下。因被得宗多次打压，名越一族遂与北条时辅一拍即合。
反对北条氏得宗势力的还有一支力量——就是不甘被架空权力的幕府将军势力。幕府将军也有意思，源氏建镰仓幕府，但他的后代不满被北条