九月初八，大内盛见、今川了俊代表后龟山天皇表示愿意臣服，而此时正是后龟山天皇名誉上的执政期间。他们的表示臣服，代表着日本的灭亡。
九月初九，足利幕府集合所有船只，携带日本皇室成员计二千余人，还有幕府武士大约万余，各诸侯强行占据百姓船只，然后随之出内海往北而去。其余抢不到船只的，或者随后龟山天皇投诚。或者是遁入山林，企图通过大军封锁，去寻觅足利义持所描述的过海往虾夷的地点。
日本正式分裂，而大明随即宣布日本纳入疆土之内，因为后龟山天皇在执政期间投诚，代表着合法政府，而执政期间。也掌管着象征日本存在的三神器，即八尺勾玉、神镜和草剃剑。但是为了表示诚意，也献出交付于大明掌管。
还有一个原因，那就是所谓的虾夷（北海道），因为山地占全岛面积的百分之六十，其中又有一半是火山地带，而且和日本本州岛隔海而望。在大明水师的震慑下，足利义持根本没有反攻的可能。逃到了虾夷，面对的也只能是一望无际的火山群。
至于为什么不强行登陆，只是在关东地方一个叫横滨的小渔村驻扎下来监视日本军队。朱元璋自有打算，后龟山天皇虽然投降，两个首领式的人物大内盛见、今川了俊也在耿瓛的监护之下。
但是足利幕府依旧有着影响力，朱元璋也不想日本一下子就进入了无政府状态，他希望日本进入非黑即白的形式之下。
只要足利幕府存在，那么一些隐藏的武士才不会转化成恐怖分子，因为他们还有希望。他们还有盼头，他们就会找足利义持和后小松天皇表示忠诚，那么才有一网打尽的可能。
“灭国容易，灭人心难啊。”朱元璋心里想着，在京师等待着后龟山天皇和大内盛见、今川了俊的觐见，日本被灭国之后，后龟山天皇还要去做一阵子傀儡，朱元璋会封其为日本国王。仍旧让他回京师做日本国民的盼头。但是后者大内盛见和今川了俊却只能是在大明孤独终老了。
在佛道之争没有结局之前，朱元璋倒是想到了一个好办法，佛教在日本颇为昌盛，而这次是颠覆其信仰的时候了。之前。在他的授意下，耿瓛等人借着战火的便利，让日本人饱尝了被掠夺的痛苦。
文化珍品遭到了大明军队可以的洗劫。据耿瓛密报，征日大军攻破镰仓和江户以后，镰仓的鹤冈八幡宫，还有圆觉寺、建长寺、妙本寺、明月院、东庆寺、海藏寺等古老寺院，及名景镰仓大佛等都不同程度的遭到清洗，为下一步道教扎根日本境内打下了基础。
在日本国王回去的同时，朱元璋会派张宇初选择一批道士跟随其一起成行，届时会宣布日本的灭佛兴道主张，许多在大明不能强项实施的政策也将会在日本实施，观察效果后，才会转移到大明境内实行。
从开始筹划，到后龟山天皇的投降，看起来不到三年的光景，在很多人的眼里觉得有些匪夷所思，但是大明朝廷上下却是知道其中做足了多少功课，当然，和充足准备之下，两国之间的国力悬殊是离不开的。日本人也不像是大明，中原人饱受外族的欺凌，对于一切都有着无比的韧性。
相比于此点，日本就有些远远不如大明的承受能力，否则，以一个立国千年的岛屿之国而论，怎么会如此脆弱和经不起打击呢？
不管怎么说，日本败亡了，虾夷不是足利义持能够长久生存的地方，后龟山天皇还未回日本安慰他的国民，朱元璋就得到锦衣卫的密报，足利义持开始往萨哈林岛窥探，当然，也免不了联络正在鞑靼边境的蒙元残余。
但是蒙元残余此时却没有时间去理会足利义持的热情，帖木儿已经开始不耐烦的往和林方向紧逼了。他终于忍受不住在别失八里的久待，迟迟不能进攻大明，原因也就是鞑靼的不肯臣服，偏偏帖木儿又不敢把后方交给不肯臣服他的人，必须要牵制或者是打残鞑靼，他才能放心的朝关内挺近。
在日本逃亡虾夷的同时，帖木儿终于忍不住那份煎熬，遂命马哈木、太平、把秃字罗三人分领的瓦刺拥立阿里不哥的後裔：答里巴为大汗。发起了向鞑靼讨伐的战争。
帖木儿利用瓦刺的卫拉特部，加上自己少量的军队攻击鞑靼，其实也是看到使其臣服无望，暂时起到一个牵制的作用，不是万不得已，他是不会和鞑靼正式开战的，因为帖木儿也是游牧人出身，知道在草原上相互追逐。是多么的浪费时间，如果能找到主力决战还好些，否则光是游击，就可以让帖木儿耗尽元气。
在马哈木、太平、把秃字罗三人率军出征的同时，他也率领主力进军沙州地区。他不怕马哈木、太平、把秃字罗三人背叛他，是因为瓦刺即后人们所称的“卫拉特”。因众多游牧于大漠以西，故又有“漠西蒙古”或“西蒙古”之称。与成吉思汗“黄金家族”有世婚关系，在蒙古国中一直享有“亲视诸王”的特殊地位，在蒙元时期，该部中因有许多人支持阿里不哥和海都反对忽必烈，基本上和忽必烈一系是世仇关系，一副不死不休的局面。
帖木儿的前锋骑兵大约八万人，是十月初四完成对沙州的包围。在初五的凌晨开始了攻城。 他不能再等了。只能趁严寒到来之前，争取向南方扩展一些，那样至少可以让部分将士避过沙漠肆虐的寒风。
因为时间充沛，宋晟已经将兵力收缩，把