庞煌正在皇帝的支持下构建的皇事院、内阁和司法部的三权分立，这一点对于方孝孺并不难看出来，这种分权，已经严重的打击了儒家在朝野之间的地位。．．特别是司法部的成立，儒家将要面对着法家的反击，这一点是方孝孺尤其不能忍受的。
他们在进行着一些准备工作，其中获得太子的支持，在北方大力发展儒家文化取得了一定的成绩，朱雄英又请旨尊崇衍圣公，并御赐十字：希言公承彦宏闻贞尚衍，作为孔氏家族辈分用字。
此时孔公鉴继任衍圣公的称号，并在方孝孺的建议下，迁衢州孔庙回曲阜，对于衍圣公家族南北宗进行合并。以保持儒家的正统性。
原来，宋金时期，南北对峙，由于社会剧烈动荡，“衍圣公”出现了南宗与北宗。
北宋末年，女真人起兵南下，徽、钦二帝被俘，赵构建立了南宋。孔子四十八代孙“衍圣公”孔端友于建炎二年离曲阜去扬州陪祀，迁居衢州（今浙江衢州），这就是南宗。
金兵入主中原后，建立了伪齐刘豫政权，刘豫为拉拢汉族士大夫阶级，在阜昌二年将孔端友之弟孔端超的二儿子孔璠，封为“衍圣公”，主持孔庙祭祀。伪齐政权灭亡后，金熙宗天眷二年，仍封孔璠为“衍圣公”。这就是北宗。
南宋孔端友没有儿子，用他弟弟端操的四子孔玠为继承人，其后子孙孔搢、孔文远、孔万春、孔洙都享有南宋的“衍圣公”封号。北宗孔璠是南宗孔玠的二哥。先后传子孙孔拯、孔元紘、孔元措、孔之固等。到孔浈时，因孔浈是孔元措的侄子的小妾所生。曾随母亲被正室赶走改嫁，长大后才被孔元措领会作继承人。因此。被其它孔氏族人攻击为不是孔子的后代，被免去“衍圣公”的封号。
蒙古占领中原后，也需要孔子的思想笼络人心，另封孔子五十一代孙孔元用为袭封“衍圣公”；其后又以孔元用的儿子孔之全为“衍圣公”。这时，金、宋、蒙古各有一个“衍圣公”。蒙古灭金后，取得了金代“衍圣公”，便仍以孔元措为袭封“衍圣公”，而改任孔之全为世袭曲阜县尹。
元灭宋后，又取得了宋封的南宗“衍圣公”孔洙。忽必烈要封孔洙为“衍圣公”。孔洙让位于居住在曲阜的孔子的后代，不愿意受封于蒙元，忽必烈无奈，便改封他为国子监祭酒，免去“衍圣公”封号，暂时结束了北宗、南宗并列的局面。
但是当年孔端友随宋高宗南下，不屈从异族的气节却保留在江南士子的心里，无形之中，还是在心里刻意的将孔子家族的南北宗分开。理由是北方长期被蒙元等异族盘踞。曲阜孔庙却没有起到应该的教化作用，而是选择了投靠异族。
所以江南士子在心里还是将衢州的孔庙奉为正宗，同时，也造就了江南士林中的人才辈出。方孝孺认为，要赢得更多士子的拥护，那就要将文化中心重新搬回北方来。打造曲阜孔庙的威信，成为目前最重要的事情。
这样做。不但可以打击江南儒林的士气，而且趁势可以树立北方儒林的正宗。方孝孺考虑了很久时间，没有以自己出身于江南士林有丝毫顾忌，反而大胆的开始通过自己的学生还有太子想要达成这个事情。
在他的心里，江南士子已经被商贾们腐化了，特别是最近十余年浙江永嘉、永康学派的抬头，更是让方孝孺对江南士林的失望，他要在曲阜打造新儒学，趁机统一儒家的思想，因为这样才能挽回士子们已经被腐化了的心。
说起衍圣公，当然不能不说大明建立以来孔家的发展历程了。
蒙元时期，借助其残暴的本性，元帝结束了南北宗的分裂局面。南宗最后一位衍圣公孔洙于至元十九年让爵于北宗，孔氏南宗失去了衍圣公，开始走向衰败。在此后的二百余年中，南宗政治上、经济上都大不如以前，家庙破旧了，无力整修，祭田免税特权被废，族人中入仕做官的很少，少数的几位也只是做书院山长、儒学提举之类的学官。
孔氏南宗在经历了一百余年的衰落之后，景泰四年，在杨杰等人的奏请下，庞煌下诏南宗重新复爵，正式授于南宗孔议为翰林院五经博士，子孙世袭，享受减免祭田赋税的优遇，中断了近一百五十年之久的孔氏南宗重新恢复袭爵，但其爵位低于北宗衍圣公，只相当于衍圣公次子。
但是天下士子出江南，从洪武三十年的南北榜案就可以看出，北方的士子远远逊色于南方士子，由此天下人都已经认可了南宗正宗的地位，对北宗很少去关注。虽然都是孔子的后人，可是在士子的眼里却是天渊之别。
而且大明的第一代衍圣公孔克坚，在蒙元时期曾经任礼部尚书，知贡举之事。随后又擢升为陕西行台侍御史。当时李思齐与察罕帖木儿为争夺秦陇地区而相互攻杀，朝廷无力加以制止，看到蒙元的大势已去，孔克坚遂辞去为国子监祭酒之职，不再愿居官任职了，就以病为由谢绝了，回到故乡，在距今曲阜城十里多的地方修筑了一座别墅，名“终吉村”，种植花草松柏及枣、梨、桃、杏等果树自乐自娱，直至元朝灭亡。
或许正因为有过这样的经历，接到朱元璋的谕旨，孔克坚颇有点为难，一方面，他是元朝的旧臣，元王朝在北方还有一定的军事势力，未必没有转机；另一方面，朱元璋造反称帝，是个起事的“贼”，能否称霸天下尚未可知。为稳妥起见，他便以