彻底摧毁了他们反抗的心思。不久，兀良哈部的原元辽王、惠宁王、朵颜元帅府相继请求内附，朱元璋大喜，遂于其地设置大宁都司营州诸卫，册封己子朱权为宁王，统领诸卫。然而，实力最为强大的蒙古鞑靼部不断东进侵扰兀良哈部，明朝随即派兵征讨。洪武二十二年，明朝又于兀良哈部所在地设置泰宁、朵颜、福余三卫指挥使司，“俾其头目各自领其众，以为声援。自大宁前抵喜峰口，近宣府，曰朵颜；自锦、义历广宁至辽河，曰泰宁；自黄泥洼逾沈阳、铁岭至开原，曰福余，独朵颜地险而强”。委以阿北失里等兀良哈部首领为各卫指挥使同知，三卫皆隶宁王朱权统领，这样昔日的敌人竟转化为自己的朋友，非但如此，还对自己的同胞下手，可谓是意外的收获。
建文元年，燕王朱棣自北平起兵靖难，欲取代建文帝朱允炆。他担心宁王扰其后方，遂发兵入攻大宁都司，胁迫宁王归顺；又以重金馈赠三卫首领，约定出兵助攻。及燕王启程，宁王召集三卫首领。三卫皆从，一呼而起，跟随宁王西进关内。燕王从三卫将士中精选三千人为奇兵，随其南征。
四年后，燕王统兵攻入南京（今属江苏），称帝，是为明成祖。即遣百户裴牙失里等人返回兀良哈部通报。永乐元年，再遣指挥萧尚都持敕书往谕。燕王称帝后，恐诸王尾大不掉，乃将宁王迁入内地，安置于南昌，又改都司为行都司，迁至保定。因兀良哈三卫在靖难之役中“从战有功”，明成祖把大宁卫之地赐予兀良哈。
永乐二年，兀良哈部首领脱儿火察等二百九十四人随萧尚都返朝，进献良马。明成祖因而命脱儿火察为左军都督府都督佥事，哈儿兀歹为都指挥同知，职掌朵颜卫；安出、土不申同为都指挥佥事，职掌福余卫；忽剌班胡为都指挥佥事，职掌泰宁卫；其余首领各授指挥、千户、百户等官，并赐诰印、冠带、白金、钞币、衣物。此后，兀良哈三卫向明廷朝贡不绝。明成祖亦视兀良哈三卫为外藩，以拱卫京师。“居则侦探，警则捍卫，发给牛具、种、布帛、酒食良厚”。四年冬，因三卫地区饥荒，兀良哈部民请求以马易米，明成祖命官署视马匹优劣，倍价易米，可以说对于兀良哈部的安抚工作，朱元璋与朱棣两代帝王都是做的不错，但终究是墙头草，大明国事一旦弱了下来，兀良哈部骨子里的不安分就显露出来了，恰好此时蒙古鞑靼部势力正盛。慑其兵威，兀良哈部秘密依附鞑靼，开始侵扰明朝北边，且不断假借卖马入明边境侦探虚实。明成祖闻讯，下诏责问，令其以马赎罪。十二年春，明廷于辽东接收兀良哈三卫所献马三千匹。明成祖敕令守将王真，每匹马付布四匹。然兀良哈三卫又叛明，依附于鞑靼部首领阿鲁台。二十年，明成祖亲征鞑靼部，击溃阿鲁台所部后，返回途中，于屈烈河大败兀良哈部军，斩首无计。遭此重创后，兀良哈部众纷纷降明，明成祖下令，一律释放，不准杀戮。
明仁宗即位后，对兀良哈部继续采取招抚政策，“赦兀良哈罪”，且“诏三卫许自新”，洪熙元年，三卫首领阿者秃归降明朝，明仁宗授其千户，赐钞币、衣物、鞍马等，对以后再来的归降者，一律依此赏赐。
未几，处于困境中的鞑靼部首领阿鲁台率领属下东走兀良哈部。在其挑唆下，兀良哈三卫屡屡侵扰明境，于永平、山海关间大肆掳掠。宣德三年九月，明宣宗亲率三千精兵追击。明军出喜峰口，于宽河与兀良哈三卫军激战。明宣宗于阵前亲自张弓，射死其前锋三人。随即，明军两翼并进，大破三卫军。兀良哈三卫军士望见黄龙旗，纷纷下马拜罪请降，皆被明军生擒。明宣宗下令处置兀良哈三卫领兵首领后，班师回朝。此役使兀良哈三卫军精锐受挫，三卫首领皆谢罪入贡。明宣宗对他们抚慰依旧。七年秋，明宣宗又以朵颜卫首领哈剌哈孙、福余卫首领安出、泰宁卫首领脱火赤等人能长期恭事明廷，分别加赐金帛等物，这种光靠钱财安抚作用其实不大，随着瓦刺的增强，鞑靼的没落，兀良哈部明显有了依靠瓦刺的心思，此时的蒙古甚至可以说，除了一个阿鲁台还在死扛之外，瓦刺已没有了敌手，站在金銮殿上的大多数都是上了年纪的老臣，他们许多是从洪武末年、建文帝、永乐走过来的老臣，对于蒙古的局势还是很明朗的，这些蒙古人适应能力很强，有大漠这道天然的屏障，想要打击他们很难，反而大明，无论是洪武爷的八次北伐，还是永乐五次出兵蒙古，看着是取得了一场又一场的胜利，但自身损失也不小，出兵蒙古战线太长，一场战事打下来，往往起不到消灭蒙古鞑子不说，还惹得百姓的不满，加上随着天下太平，明军的战斗力已经出现了明显的下降。在面对蒙古骑兵时，明朝通常的态度是坚守，恰好黄金家族没落，大明利用蒙古人的内斗来压制黄金家族，使整个大漠的蒙古人翻不了身，从永乐后期对蒙古的策略，基本上是拉一个打一个，谁强了就打谁的制衡策略，维持蒙古各种实力的平衡，从而使他们内斗不断，大明从而得到了安宁，这个政策从洪武末期一直延续到永乐末年，随着永乐去世，大明国力明显下降，往日这些被迫老实安分的蒙古部落，开始动了恢复祖上光辉业绩的心思，先是阿鲁台领导的鞑靼开始着手统一准备了，大明自是不能坐视不理，几次北伐算是