孙策夺取了南郑，控制了汉中腹地。由于汉中的地形复杂，主要以各个关口为主要的防御点，加上腹地道路通畅，粮草都控制在后方。夺得了汉中腹地，孙策便间接控制了各个关口的命脉，以此为凭仗，孙策立刻将他的20000大军分散出去，没话费多少时间，便接替了汉中各个关口的控制权。
同时在中央政权方面，孙策秉持他对杨松的承诺，将杨松提拔为了仅次于别驾徐庶的祭酒，同时开始剥离汉中政教合一的体系，促使政教分离。倚仗汉中大族之助，迅速控制汉中的政权。
但是孙策并未贸然将汉中地区的五斗米教铲除，而是承认了他们的合法地位，对其教义也不插手，以此作为换取剥夺此地宗教上的政治权利的筹码。
孙策的行为虽然使得汉中地区的道教政治权利大为降低，不过却未伤汉中的宗教根本，加上孙策实力强大，教派高层几乎都在孙策的监视之下。五斗米教主事人商议过后，默认了孙策对汉中的统治地位，汉中的权利交替引起的乱局持续十余日之后，在还未成型前，便慢慢消退下去。
为了汉中地区的长治久安，孙策又听取徐庶的建议，劝说张鲁复出，主持安抚民众，做孙策手下的户曹从事。
为了祖孙三代建立的宗教体系的流传，张鲁几经思考，同意了孙策的拉拢，答应出仕孙策。同样张鲁从孙策的官员加封一事上，知道了孙策军突然出现在汉中腹地的原因，对出卖他的杨家恨之入骨。
张鲁的再度出仕，给汉中的教民吃下了一颗定心丸，汉中的事态平息速递极快，孙策这才有功夫去考虑如何应对刘瑁的威胁。
孙策军按照王令在一月左右夺取了汉中，出乎刘瑁的预料。他本来以为孙策军此去只会与张鲁两败俱伤，然后因粮草补给不济而最终全军覆没，可如今的形势真是太过诡异了。
对于孙策夺取了汉中一事，刘瑁虽说异常的吃惊，但相对于吃惊，他还是知道轻重。一直以来，刘瑁对孙策就没放心过。这次欲加害于他，没想到他却立下了大功。刘瑁随便一想，就知道不能放任孙策在汉中立足，须转变策略，采用吴懿之策，架空孙策。
于是刘瑁立刻派遣了黄门，携带表封孙策为五城亭侯，并让孙策班师回朝的诏书，前去汉中，意图让孙策接受诏书旨意，从汉中回来。同时刘瑁还令剑阁的吴兰迅速率军入汉中，接替孙策的权利，将汉中一地从孙策手中夺回来。
刘瑁的动作倒是快，可惜孙策出发前就已经有了反心，哪里会在意刘瑁的诏书。等刘瑁的传旨人到了南郑，考虑到汉中势态不容乐观，时间紧迫，需要一定的消化时间，孙策便令人将之严加看管，装作没有接到命令的样子，以此拖延时日。
同样白水关新上任的守将韩当见到了前来接替孙策之权的吴兰，却打着并未接到诏书的借口，就是不放吴兰入白水关。
韩当的理由很正当，吴兰接到的军令很紧急，又没有诏书在身，根本无法证明。而且他吴兰手下军将不过3000人，攻打白水关一事简直就是妄想，没有办法之下，吴兰在白水关下被白白谅了数日，只得挥兵回剑阁。
十数天不见北方的传旨黄门传回消息，而白水关一地的孙策军又言称没有接到诏书，刘瑁心中大怒，又发了一道诏书去汉中。
此次传旨的黄门刚到汉中，孙策就知道自己无法再以相同的借口拖延时日，加上汉中局面由于张鲁出仕逐渐稳定下来，孙策便将传诏黄门抓了起来，与先前的黄门一起，押到南郑中心街口，然后孙策当即揭破刘瑁的密谋，声称不愿遭受刘瑁谋害，斩杀二人之后，宣布脱离刘瑁自立。
3月下旬，刘瑁两次北上传旨的黄门人头与孙策的宣战文书，还有他自己的表封诏书被一同送回了成都。
北方事变，消息送达，为了处理孙策反叛一事，同样为了报孙策的侮辱之恨，刘瑁特意召集了手下的重要大臣。当着所有人的面，刘瑁将装在盒子里用石灰炮制过的人头，还有刺眼的鲜血所写的宣战文书，当庭展示，然后宣布孙策为，要举全国之力共讨。刘瑁的贸然决定没有得到支持，反被劝阻了下来。
除此之外，刘瑁还着令巴西郡的太守庞义率兵捉拿孙策家人，准备移其族，以解心头之恨。可惜，孙策早已作好准备，夺下汉中之后，早先一步得到消息的孙家人几乎都已经逃出了蜀地，进入了汉中境内，让庞义扑了个空。
没有拿住孙策的家人，刘瑁大为失望，可一想到孙策家人是跑了，但他的旧部还有很多留在益州，于是刘瑁又加强了对孙策旧部的监视。
好在传回的消息让刘瑁好受了一点，孙策的旧部对于孙策反叛一事几乎都不敢相信，一个个义愤填膺，认为孙策反复有辱先父之民。孙策因造反导致人心背离，算是对刘瑁的一点点安慰。
出兵没有得到支持，以家人相逼又错失了良机，刘瑁很愤怒。想到他身为大汉皇帝，除了益州重臣之外，还有外部的盟友，刘瑁决定采取外交手段，从政治大局上，压迫孙策，让他不好过。
刘瑁命北方名义上归属刘瑁的韩遂部，下诏声称孙策犯上作乱，表封韩遂为车骑将军，让韩遂率军从阴平攻打孙策。然后又派人联络荆州刘表，言孙策之危害，双方签订秘密的停战协定，一起力主清除孙策。同时刘瑁又封锁汉中入蜀的各条主要道口，企图采取