处置完毕，明成祖余怒未消，盯着纪纲，冷声喝道：“纪纲，你该当何罪？”
纪纲当时的确只是布置手下跟踪唐大鹏到贤妃陵之后，让他们毁尸栽赃陷害，没想到这些人见财起意，竟然盗窃陵墓陪与珍宝，现在还被拿了个人赃俱获。
纪纲惊恐万状，咕咚一声跪倒在地，连连磕头叫道：“这些个畜生竟然做出这等大逆不道之事，都是微臣御下不严，竟然被这群畜生蒙骗，真是罪该万死，请皇上赐罪！”
明成祖冷声问道：“你仅仅是御下不严吗？”
纪纲磕头说道：“微臣对他们的所作所为真的一无所知啊！皇上，微臣只是要求他们跟踪观察唐大鹏……，不，唐侯爷，没想到他们居然做出毁损娘娘遗体，盗窃陪与珍宝这等大逆不道的事情来，微臣对此的确一概不知啊！皇上……”
太子朱高炽说道：“他们均已招供，这一切都是你指使的……”
明成祖望了太子一眼，摆了摆手，转头盯着纪纲，问道：“你不是说毁损贤妃遗体的事情是唐爱卿干的吗？”
纪纲一听这话，就已经猜到了明成祖的想法，太子查证的事实已经很清楚，他哪里还敢狡辩，连连磕头道：“是……是微臣纠察不慎，错怪了唐侯爷，微臣该死，求皇上恕罪！”
明成祖桌子一拍，大喝道：“哼！你一句纠察不慎，不仅让朕错杀了顺妃、蒋内阁学士等人，还差点错杀了唐爱卿这等无辜的有功之臣，更令贤妃遗体蒙耻！来人啊！将他拖出去……”
一听这话，纪纲直吓得魂飞天外屁滚尿流。连求饶都不会了。
明成祖顿了顿，这才说道：“把他拖出去，重责廷杖一百二！”
唐大鹏差点气趴下，心想，怎么？打一顿屁股就算完了？这纪纲分明是故意陷害自己，皇上就这么轻描淡写一句话就算玩完了？这算哪门子事情嘛！就算你不治他栽赃陷害老子，可这纪纲为了诬陷老子，把你最宠爱的妃子的遗体都剁了个稀巴烂哦？这你都不管？
其实，这是明成祖权衡利弊后的无奈选择，明成祖当然知道，这些锦衣卫没有纪纲的指使，再给他们一百个胆子，也不敢掘陵毁厚，顺带盗窃陪葬珠宝的。不过，纪纲能爬到锦衣卫指挥使这个地位上。并不仅仅靠善解人意溜须拍马，还是有他真本事的。
纪纲的真本事就是整人，明成祖当然需要唐大鹏这样的侦破专家来查出那些真的有谋反之心的人。不过，还有一些人，明成祖知道他们根本没有谋反之心，但是形势的需要或者权力斗争的需要，必须将之铲除。所以就需要进行栽赃陷害屈打成招，而这种昧着良心黑着gāng_mén才能干的事情，显然唐大鹏是不能胜任的，这种工作非纪纲这等阴损小人莫属。
因此，明成祖既需要唐大鹏这种真正的能人，也需要纪纲这种不讲原则完全按照自己的意思行事的阴损能人，这两种人都是他政权的需要。更何况，靖难之役里，纪纲一直跟随他鞍前马后，征战沙场，纪纲作战勇猛，深得明成祖的赏识。这种战斗中结下的君臣友谊，那是最让人难以忘怀的，这之后纪纲又善于溜须拍马，深得明成祖的欢心。所以，这一点也让明成祖下不了决心砍纪纲的脑袋。
纪纲损毁贤妃遗体已是事实，如果因此将纪纲砍头，于事无补，打他一百二十廷杖杀威棍以示警告，不仅警告了他，顺了唐大鹏的气，也保留了这有用之才。
明代廷杖始于明太祖，到明成祖永乐时期基本上就不用了，后来的明英宗才正式恢复廷杖。
明成祖下令对纪纲进行廷杖，也是不得已而为之，眼看纪纲将唐大鹏诬陷得差点家破人亡，如果不给这纪纲点颜色，瞧唐大鹏那撇着个嘴两眼冒火的样子，肯定难以平息他的怒气，也难以服众，也不够给纪纲一点教训的，所以决定当场对纪纲进行廷杖。
执行廷杖的是专门的锦衣卫校尉，他们都受过严格训练，技艺纯熟，能够准确根据锦衣卫指挥使纪纲的暗示掌握受刑人的生死。只不过这一次不同，现在被执行廷杖的，正是指挥使纪纲。
这些校尉们有些紧张，不过，皇上下令，那可不敢有丝毫马虎。廷杖监管校尉一声吆喝，几个彪形大汉将纪纲扛起来架到客厅之外，七手八脚将纪纲一身官袍扒了个精光，按在地上。监管校尉上到客厅，在明成祖面前跪倒说道：“启禀皇上，对纪纲廷杖准备完毕！”
低头看了看皇上的两脚，按照规矩，如果两脚八字形张开，表示可留杖下人一条活命；反之，如果脚尖向内靠拢，则杖下人就只有死路一条了。
明成祖微一犹豫，脚尖朝外，却把桌子一拍，喝道：“着实打！”
这就矛盾了，这脚尖朝外，那是留人一条命的意思，可“着实打”这句话，却又是往死里打的意思。这校尉政治敏锐性特强，眼珠一转，立即明白了明成祖的真实想法。磕了一个头，答应了，起身倒退着到了门口，这才转身，喝道：“皇上圣谕，廷杖着实打！”
纪纲在外面趴着，看不见明成祖的脚，一听这话，吓得魂飞魄散，连喊饶命。
行刑的校尉听到“着实打”，瞧了一眼这廷杖监管校尉的两脚，却又是脚尖朝外——留人一条性命，这才是最终决定。顿时明白，齐声吆喝道：“遵旨！着实打喽－！”
劈哩叭啦开始狠揍纪纲，十多棍之后，便已经把纪纲打得血肉横飞，哭