起初，众神们各个击破的战略奏效了，新盘古大陆各大文明都陷入了内斗的战火中，而“天”上的众神作为战争商贩给各大文明提供武器，不过各大文明很快就察觉到这实际上是“天”上众神们的阴谋，于是瞒着众神的眼睛，在私底下建立了联盟，并采取了将计就计的应对策略。
各大文明之间的战火虽然延绵不断，但实际上都没有伤及到根基，他们都在暗中保存实力，一方面不断地获取从“天”上众神那里得来的科技，另一方面伺机而动，等待“天”上众神露出狐狸尾巴，而后再联合起来给其致命一击。
果然，在各大文明过家家式的战争游戏下，“天”上众神以为打得差不多了，自以为抓住了时机，一举发动带来的舰队加入了战争中，不过众神们很快便被贩卖给各大文明的武器打得节节败退。
这一战中，“天”上的众神损失惨重，原先入侵的十六艘战舰被击落了十二艘，有三艘被俘获，剩下的那一艘极其狼狈地逃回了“天”上，此外，陨落的神与亚神也不计可数。
以至于到了最后，神王黄昏战神亲自将临新盘古世界出手，不过在失去灵气滋润后，黄昏战神的神力流失得也十分厉害，最后竟然敌不过新盘古世界十二个最强文明的领袖联手。
这十二个击败黄昏战神的文明领袖，又被后世之人称作十二祖巫，十二祖巫虽然击败了黄昏战神，不过并未彻底将其弑杀掉，黄昏战神在逃走时，使出了神通将盘古大陆大部分的灵气都剥落了下来，并带回到“天”上。
重获灵气的“天”重新燃起了生机，而众神们也渐渐恢复了神力以及永恒的寿命，不过失去了大部分灵气的新盘古世界却面临末日，灵气是盘古大陆上生灵们繁衍生息赖以生存的东西，所以失去灵气对于大部分种族来说都是毁灭性的打击。
所以为了争夺盘古大陆上剩余的灵气延续自身所在的部族，十二祖巫纷纷带领自己的部族爆发战争，此次内战中所有组建起来的联盟乃至是文明都被彻底解构，每个种族都极其自私地为了得到灵气而残忍地将其他种族屠戮掉。
来自魔界的女魔伊娃不忍心看着盘古大陆上各大种族相互屠戮争战，所以用两仪生灭阵将亡灵的怨气转化成了灵气，并用周天星斗大阵使得灵气均匀地在整个盘古大陆上流动，在灵气稀缺的问题得到根源性的解决后，盘古大陆上各个部族也渐渐地停止了战争。
但是那一战中还是使得许多弱小的种族蒙受到灭族之灾，让盘古大陆上的生灵放下厮杀屠刀的女魔伊娃也摇身一变成为了生灵们侍奉的神明，盘古大陆上的生灵把伊娃称呼为女娲，而后世之人又把伊娃补充盘古世界灵气的世界成为女娲补天。
伊娃除了补天之外，还做了另一件大事，那便是揉合了盘古大陆上各个种族的血脉创造人类，而人类又把自身以外的生灵，也就是盘古大陆上原先的各个种族统称为妖。
人类虽然不像妖那样具备强大的肉身与能力，但是人类继承了神与魔的智慧，又因为人类的血脉中融合了万灵之血，所以人类又自称为万物之灵。
人类灵智程度远高于妖，并且非常懂得保全自身，所以弱小的人类向各个强大的妖族进贡，并换取强大妖族的保护，并自愿给强大的妖族当附庸，所以人类才得以在万妖纵横的洪荒时代中苟且偷生地存活下来。
第二次“天”神的入侵战争摧毁了新盘古世界上的文明，所以盘古世界上的各大部族为了统一又重新开启了征服战争，而这场强大部族统治弱小部族的征服战争中，最耀眼的却不是强大的十二祖巫，而是两个异种。
“天”神第一次入侵新盘古世界时，盘古大陆上的各大文明便向曾经的盟友，也就是活在地底魔界中的魔求助过，期间有包括伊娃在内的无数大魔从魔界里走出重新进入新盘古世界，并帮助大陆上的新灵们击败“天”神。
在击败“天”神后，虽然大部分的魔都回到了魔界，但仍有部分的魔选择留在这片大陆上，久而久之，魔开始与盘古大陆上各种生灵通婚，而魔与妖生下的异种都极其容易夭折，不过活下来的异种却展现出比魔，甚至比神王还要强的神通。
其中有一对双胞胎异种更是直接颠覆了妖界与神界，这对双胞胎异种的大哥名为帝俊，弟弟名为太一，他们的真身都是头顶上盘绕阳火的三足金乌。
在第二次巫妖大战中，太一以一己之力血拼八大祖巫，并使八大祖巫统统陨落，十二祖巫最强大的八个被太一杀死后，剩下的四个已经完全不是太一的对手了，所以纷纷向太一俯首称臣，而太一也迅速统一了洪荒万族，并建立了一个空前强大的文明，其名为夏。
而东为五方之首，所以太一也被称为东皇。
弟弟太一统治了盘古大陆上的万族，而哥哥帝俊的丰功伟绩更是被大陆上的生灵口口颂赞，因为帝俊乘坐第二次“天”神入侵战争中从众神那里俘获而来的战舰登“天”，以一己之力敌“天”上众神，并弑杀了黄昏战神。
在黄昏战神陨落后，帝俊在天上称帝，万神皆给他俯首称臣，因为天上众神把帝俊这个异种误认为是从盘古大陆上来的妖，所以帝俊又素有妖皇之称，在弑杀神王成为了神帝之后，妖皇又在天上重新组建了天庭统治天上众神。
兄弟二人联手统治天地后，天地都进入了太平