胡适到了巴黎时，当时在德国柏林大学研究的傅斯年也赶来巴黎和胡适住在一起共同研究敦煌遗卷。
胡适承认他的很多想法都是受到傅斯年的影响。基本上胡适的禪宗研究就是要肯定北宗神秀的渐修学说而否定南宗惠能的顿悟说、并且证明所谓六祖坛经裡五祖弘忍传惠能法衣的故事只是惠能的弟子神会和尚為了和北宗争夺皇室的供养所编造出的神话。
1942年，胡适卸任驻美大使后开始关注《水经注》研究，此后的20年间，在《水经注》版本研究上花费了巨大的精力。
所谓《水经注》案，是指一百多年来，部分学者指责戴震偷窃赵一清《水经注》研究成果一事。对此，学术界普遍有两种看法：一种认為戴震抄袭了赵一清的成果；一种认為赵一清、全祖望、戴震各自独立研究，取得了大体相同的结果。
在十几年内，胡适蒐集了四十多种《水经注》的版本，抄写了一百多篇长篇文章和一些考证文字，用了千百个证据，為了推翻几成定讞的所谓戴震抄袭赵一清《水经注》校本的冤案。但部分学者认為是白费力气。