为此，叶名深决定首先分路“清剿”东北、西北各乡小股起义军。至10月21日，十三乡的起义军均被击溃。
这时，北路起义军尚有佛岭市、萧冈、龙潭观、牛栏冈等重要据点，彼此呼应，互为犄角。迨至11月3日，上述据点也逐一被清军攻占，起义军伤亡重大，余部退向石井、石‘门’等处。
清军攻占北路起义军主要据点后，即采取水陆夹击战术，进攻西路起义军。至1855年1月中旬，石井、石‘门’以及附近各乡的起义军均被击败。起义军首领何六、周‘春’、甘先等率部北上，参加围攻韶州的战斗，后又退入湖南；李文茂则率部转移至南海县的九江。
正当清军疯狂进攻北路起义军之际，英国远东军接受叶名琛的请求，于12月13日公开派遣舰队，闯入珠江，充当清军镇压起义军的后援。
叶名琛有恃无恐，便立即进攻省河以南的起义军。但由于省河港汊纷歧，东连狮子洋，西连佛山镇，起义军水军出没无常，曾于大黄滘、新造等处大败清军水师，使清军的“堵剿倍形吃紧”。
这时，候补道沈棣辉提出了先破佛山的建议，他认为佛山是起义军的重要据点，是辎重和‘精’锐的集结地，佛山一破，其余便可一战而定。叶名琛接受了这一建议，命沈棣辉统一指挥陆路兵勇近万人，战船百余只、水勇三千人，连同原驻佛山附近的兵勇四千七百余名，向佛山进攻。
当李文茂、陈显良等起义军勇猛攻打省城之际，佛山陈开起义军竟被南海县的大沥、梯云、扶南、太平四堡九十六乡的团练阻止了北进的道路，以致数万起义军偏处佛山，无所作为。
沈棣辉在进攻佛山前，察看了各处地形，决定先破与大沥团练对峙的桥头、谢遥村等据点。1854年12月25日至1855年1月14日，清军将佛山外围的据点全部攻占。
沈棣辉鉴于佛山道路盘旋，街巷纷歧，事先绘制地图，分发各营，使部队熟悉进攻的街道，明确各自的攻击目标。1月27日，清军分十三路同时进攻佛山镇，起义军首尾不能相顾，纷纷突围。
陈开率部向南海县的九江退却，后与李文茂部会攻三水县城不克，遂一齐西进肇庆，与伍百吉部及由广西东下至肇庆的梁培友部会师，进行休整。2月下旬，南路起义军的主要据点也全部失守。至此，长达半年多的围攻广州之战，以起义军失败而告终。
广州解误，叶名琛下令“凡昔通匪者，吏民格杀勿论”，对广东百姓进行血腥镇压。全省被害者约在百万以上，仅广州一地就有十万余人惨遭屠杀。
英**舰也参与围捕退到海上的起义军，几乎把所有北里湾和石浦港的起义军船只击沉，并伙同清军成批地捕杀起义军战士。
在作战经验丰富的熊光宇看来，几年前的天地会广州起义完全就是一种自坑行为。
广州城墙高厚，四周炮台环列，构成坚固的防御体系。刚刚兴起的天地会起义军，虽然人数众多，但组织松散，武器装备差，战斗力不强，而且没有城内居民的响应，在这种情况下，强攻坚城，显然是不明智的。
广州城虽然处于起义军四面包围之中，实际上是围而未死。叶名琛等仍能通过水路，在英、美、法等列强远东势力的帮助下，将军需民用物资运进城内，支持其持久作战，并最终挫败了起义军的进攻。
半年多的围攻广州之战，起义军不仅消耗了很大力量，而且丧失了向敌人统治薄弱地区发展起义势力的有利时机。;