尽管太平天国1853年定都天京南京）后即进行北伐，捻军也随即像瘟疫一样在北方传播开来，但他们还是受到了沉重限制和打击…，满清对付太平天国北伐和捻军的主力，已经不是绿营而是八旗。
在这个过程中，僧格林沁控制了八旗主力，成为满清最重要的守护神。僧格林沁活捉太平天国北伐主帅林凤祥、李开芳，给予太平军北伐部队全歼，随即应付进攻天津、北京的英法联军，又接连获取击败捻军的胜利。
然而，捻军属于流窜作战，僧格林沁既有剿不胜剿之苦，又在接连的战术胜利中越来越轻敌，终于在山东曹州率领不多兵力死命追敌而陷入包围，一代满清名将战死马下。
僧格林沁一死，八旗武装没有了能够真正担当的主帅，终于步绿营之后失去了可以控制局面的战斗力。就在僧格林沁战死的前一年，湘军攻占了天京南京），标志着太平天国已经失败。
僧格林沁一死，曾国藩马上就奉命北上对付捻军。尽管湘军已经进行解散工作，但李鸿章部和刘长佑部兴起，李鸿章、刘长佑在平定南方太平天国残余后也率军北上。
于是，汉人控制满清军事力量的格局已经注定。
由此可见，僧王在高楼寨战败被杀，所导致的后果有多么严重。
其实当南方太平天国被打败，无论僧格林沁死与不死，北方捻军被剿灭都已经注定。但是，如果僧格林沁不死，八旗主力就仍然会是满清的铁拳，曾国藩、李鸿章的勇营武装很难获得向北控制的机会，所面临的命运要么绿营化，要么就像曾国藩已经在做的那样进行解体。
总之，汉人有这样一个成为满清主力乃至掌握兵权的大好契机，后来的历史也将会与吴可所知完全不同。
……
岂料一波未平一波又起，僧格林沁的覆灭，使朝廷极为惊恐，生怕又出现一个太平天国。
朝廷本想让僧格林沁单独将捻军镇压下去，以提高蒙满贵族的威望，以对抗新起来的湘系、乡勇系以及淮系地方汉族军阀。但后来见僧格林沁无力镇压捻军，又想故技重演，让曾国藩、李鸿章等出力，僧格林沁坐收其功。
但僧格林沁狂妄自大，愚顽不化，根本看不起曾国藩这帮汉人。对朝廷的好心力加排斥，朝廷见此只好作罢，现在僧格林沁全军覆没了，朝廷大惊之下于1865年5月26日到5月31日，短短的五天之内，连发五道谕旨，任曾国藩为钦差大臣，率领所部各军，星夜出发前往前线督战。
可曾国藩此时已经54岁了，功成名就，位列甲侯，再也没有十多年前那种功名之心了，但皇命难违只好受命。
1865年6月18日，曾国藩怀着忐忑不安的心情，拖着老病之躯，由南京登州率裁军以后剩的六营湘军和李鸿章的淮勇两万多人北上。
9月23日，曾国藩部抵达徐州前线。
在对付捻军的问题上，曾国藩吸取了僧格林沁穷追不舍导致覆亡的教训。他针对捻军以骑兵为主，长于流动作战和游击战，行动迅速的特点，提出了“重镇设防”，“布置河防”。并结合“查圩”的政策。
重镇设防，就是以重兵把守安徽临淮、山东济宁、河南周家口、江苏徐州四个重镇，并在捻军经常出没的蒙城、亳州等地驻扎少量兵力对其进行阻击。这样，捻军每到一处，各镇驻兵就可以迎头击之，清军能以逸待劳打捻军个措手不及。
布置河防，就是东以运河为防线，西以沙河，贾鲁河为防线，由曾国藩派水师与淮军会防。曾国藩企图用这个方法，阻止捻军进入山东、河南西部，在运河与沙河之间的地区将捻军消灭。
但由于捻军东奔西至，飘忽不定，曾国藩在与捻军的交锋中发现自己只将兵力驻在几处截击很难奏效，于是又出新招，只留一部分作战能力不强的军队驻守各镇，其他战斗力强的军队大多数为游击师，对捻进行拦截和追击。
这样，又将重镇防守和拦截追击结合起来，不让捻军有从容歇脚之地。
与此同时，曾国藩结合“查圩”，“查圩”就是以清查户口来切断捻军同老百姓的联系，肃清潜在的匪患力量，使之不能在老百姓中立足，从老百姓那里得到补给，这是曾国藩搬用他在湖南办团练时的老方法。
曾国藩规定，老百姓见到捻军到来必须坚壁清野，断绝供应给他们粮食。而在湘军、淮军到来时，则要源源不断地把粮食等物品供应上来。对于那些参加捻军或与捻军有联系的，注入“莠民册”，情节严重的不仅要杀头，还要连坐，即一人犯罪，牵连好几家。
对于那些从来没有和捻军有过联系的注入“良民册”，用这种办法，这行径真有后世鬼子的风范。
同时曾国藩严令各地查圩的人以“通贼”的罪名，多抓人多杀人，多多益善。
可尽管曾国藩绞尽脑汁，制定出来这样一条自以为十全十美的战略方针，但他所率领的湘军、淮军在战场上还是节节失利，根本无法阻挡捻军神出鬼没的攻势。不久之后赖文光与张宗禹部在河南中牟会师，将曾国藩苦心经营近一年的千里河防摧毁，曾国藩剿捻宣告失败。
恰在此时，曾国藩的政敌们正好以此为借口，对他大加攻击。朝廷见他连战无功，也连连降旨严加斥责。曾国藩忧愤成疾上疏请求辞职。
朝廷也怕他在剿捻过程中再一次强大起来。于是改派李鸿章为钦差大臣，