这种反回民的法律要比清代最早的重大回民叛乱早约二十年；当然这些回民叛乱又加剧了清朝官员对以清真寺为中心的社会的疑惧。汉民由于十九世纪初年的生活日益困难，就更加把回民看成是土地占有和贸易方面的对手。
汉民和回民打官司的时候，裁决很少对回民持平正态度。汉族官员本人有偏见，满族官员又通常左袒汉民，这让汉回之间的矛盾越发尖锐。
至广西太平天国起事后，各地都兴起了团练，俗称为勇。
清代的勇与兵有严格区分，勇是团练即民兵，兵是正规军。咸丰末年为了对付太平军，河南巡抚严树森曾招募了六百名陕西回勇往开封协防，事毕后回陕遣散，为陕西团练大臣张芾所留用。
适逢太平天国扶王陈得才勾结捻党，在同治元年从河南经由武关入陕西，陕西大乱这批被征的回勇乘乱散走。一批原籍同州、散伙归家的回勇走到华州（今陕西华县）圣山小张村，有个回勇看上了村边的竹子与姓王的园主商定，每斤铜钱20枚购买。正在砍竹子时主人的父亲来了。
老头得知卖竹子的情况后，觉得价钱低了，想反悔。但是，老头不是责怪自己的儿子不会做买卖，而是诬陷砍竹子的回勇是偷竹子，双方发生了冲突。任谁也没想到，这一冲突竟然导致了一场惊天动地的大乱。
只是在钦差大臣多隆阿（18171864年）到达以后，清朝才开始转败为胜。多隆阿原来是一名八旗军军官，因胡林翼的提拔而升任湘军将领（在他麾下的那一部分湘军名为楚勇）。1861年多隆阿帮助曾国荃从太平军手中收复了安庆，他自己在1862年攻克了桐陵。
1863年3月，多隆阿的勇营攻占了陕西东部作为东干人主要基地的两个市镇。他在8月间打破了对西安的封锁，把回民赶到了陕西西部。1864年3月他死于对侵犯陕西的四川太平军的战役中，这时他已扑灭了陕西省的回民叛乱。可是大批陕西回民却逃入甘肃，参加了在那里早已叛乱且人数众多的回民部队。
陕西的叛乱显然是汉族官绅挑动起来的，但甘肃的叛乱却是回民首先发难的，马化龙的新教教徒则在其中起了很大的作用。早在1862年10月某些回民领袖就传话，说清朝即将大肆屠杀回民，所以他们组织起来包围了灵州这个位于马化龙基地金积堡以北四十余里的大城市。
与此同时，回民在甘肃东南部攻打了固原，这是横跨一条交通要道的战略冲要城市。驻兰州的总督恩麟发现只有和为上别无他法。在他的建议下，1863年1月北京为甘肃下了一道特旨，重申对回民的不歧视原则。但是甘肃与陕西一样，回汉双方地方队伍都倍蓰增加，冲突与日俱增，所以四年之内除省城和其他少数几个城市外，全甘肃省几乎都被回民部队占领。
这样的状况，是朝廷怎么也不可能接受的，此时又有捻匪人马冲入陕甘等地四吓唬滋扰，朝廷担心陕甘登第彻底失控，急忙调派闽浙总督左宗棠率部前来平乱……