二年之后其弟喀什噶尔总督速檀马合木，就趁机出兵攻占叶尔羌王城，一举拿下都城夺得汗位，致使叶尔羌速檀阿黑麻汗被迫逃归阿克苏。
直到叶尔羌汗国东部的南疆察合台汗国国王素丹·阿布都拉哈汗，发兵进攻占领阿克苏城打败叶尔羌速檀阿黑麻汗，又直奔叶尔羌王城而来。
毕竟身为叶尔羌汗国治下的藩属国私自出兵是大不敬，不过好在叶尔羌速檀马合木汗比较宽容大度，看在他们替自己打败了自己哥哥的叛军，所以就下令宽恕了这批军队，还给他赏赐了一座城堡在北郊花园汗宫内，以表示他就是自己手下的心腹大将。
但好景不长明崇祯九年公元1636年叶尔羌速檀马合木汗被黑山派领袖和卓沙迪，密谋杀害在王宫后花园内，听闻消息的叶尔羌前任速檀阿黑麻汗连忙赶回来都城复汗位。
怎奈骄傲自大的叶尔羌速檀阿黑麻汗，与黑山派领袖不和认为他的势力太大，就处处与他作对企图削去他的势力，也因此发生了矛盾。
有自知之明的黑山派领袖当然不甘心被削去势力，所以他就转而去支持南疆察合台素丹·阿布都拉哈汗，两人在谋划了许久战术之后以东征吐鲁番汗国（此时以灭只是小国）为由让汗王出兵。
待王师出城之后阿布都拉哈汗就趁机攻占喀什噶尔，并封锁叶尔羌王城独立霸占着，让东征之师回国时被袭击兵败，被迫离叶尔羌王城转而前往巴里黑。
之后叶尔羌速檀阿黑麻汗又转去河中地区，投靠伊玛目库里汗，但不幸却死在进攻安集延的战争中。
这样才轮到阿布都拉哈汗继承叶尔羌汗国的汗位，他很有魄力一上位就有效的调配着中央和地方的官员，放逐了一批前朝显贵。
又在喀什噶尔处死与前朝关系密切的有名望人2百名，其中有一些宗教上层人士，也被拉到叶尔羌王城内处死约有1百人左右。
这些措施有力地打击了贵族豪强们的势力，避免了王公贵族以及〈异密〉的擅权，并加强了中央汗权的集中，在巩固了内政之后，叶尔羌阿布都拉哈汗就对周边国家和部族多次兴兵征战。
以此来维持汗国的经济和粮食，实际上并未能扩大汗国的版图，从明崇祯十四～十五年公元1641年～1642年。叶尔羌阿布都拉哈汗先后率军出击攻打吉利吉思人，在阿克赛与吉利吉思军队相遇，双方展开激烈的战斗。
以骑兵长矛队、步兵铁甲死士队、箭矢神射队，三方勇猛的作为先锋冲击最终叶尔羌军队获胜，取得了对吉利吉思军作战中的一次大捷，也让叶尔羌汗国西北部边境地区得以安宁。
在叶尔羌阿布都拉哈汗统治时期，他还比较向往与大明帝国的友好关系（主要就是看上了朝廷的封贡。）所以他要继续执行其父南疆察合台汗国吐鲁番总督素丹·阿都剌因，对大明帝国的政策和平相处，常年遣使封贡以保证汗国的经济稳定。
因为常年征战许久税负开支都让叶尔羌阿布都拉哈汗头疼，所以他决定再次派人去联系大明，例行常年的朝贡体系。
怎奈突然被闯进来的叶尔羌阿奇木大伯克杜热西提·穆拉帝力，脱下帽子汇报道“突厥语启禀汗王大事不好了！我军士兵过了嘉峪关在大明陕西行都司西部已经占领了肃州卫、高台守御千户所、镇夷守御千户所，这三处旗帜插满了城堡，还请汗王示下。”
听闻奏报的叶尔羌阿布都拉哈汗大惊失色，他大拍桌子骂道“突厥语什么？本汗还说要派使者去朝贡大明，他们倒好居然敢惹怒大明帝国？这是成心跟本汗作对啊！速去让他们撤下来，到时候本汗会派使者与大明朝廷沟通，到时候就说手下管教不严所致，希望能让大明皇帝网开一面原谅本汗吧！”