在顺利解决了载垣、端华、肃顺等顾命八大臣后，朝廷紧锣密鼓地开始了善后事宜。十一月初，幼小的载淳于紫禁城太和殿正式登基，改祺祥年号为同治，定1862年为同治元年，是为同治皇帝。随即陆续颁布上谕加封恭亲王奕?为议政王大臣、军机处领班，文祥等人为军机大臣。宣布两宫太后在养心殿垂帘听政。同月将载垣、端华赐死于宗人府，处决肃顺于菜市口，其余党羽罢职免官。
赏功罚罪事宜基本完成，但是李旭该如何奖赏和安置呢？两宫太后觉得李旭在处置肃顺等人的事情上出力甚多，功劳最大，应该予以重奖！想把李旭留在京师予以重用，西太后更想把李旭弄进军机处行走，一来可以倚为臂助；二来说不定可以时常见面，那个啥…
于是两宫太后召来奕听了两宫太后的想法，苦笑道：“太后们是为李旭好，可眼下却暂时不能这样安排啊！近来南方不靖，长毛猛攻江浙，在安徽也是鏖战不休…江南正是不稳之局，李旭善战之兵岂能不用？俗话说好钢用在刀刃上啊！其次，曾国藩湘军不断壮大，江南绿营几无战力名存实亡，倘若无人能制衡湘军，万一将来湘军尾大不掉如何是好？祖制汉人不可统兵---眼下汉人统军虽是形势所迫可也不得不防啊！虽说曾国藩不至于背叛朝廷，可是谁敢保证陈桥兵变不会重演呢？最好的保证就是彼此制衡以确保无人坐大而朝廷可以分而治之！所以臣以为李旭还是返回江南为好。第三，如今国力衰弱，急需自新图强以振国力。李旭愿意试点江西，探索出路，臣以为此利国之事也！其若留京，如何试点江西呢？”
东太后道：“听说李旭乃是曾国藩的学生，让他去监督湘军，能行吗？”
文祥道：“回太后，奴才以为这正是恭王爷的妙计！汉人最会猜疑，只要朝廷有意无意地抬高李旭必会引发曾国藩或其部众的猜忌，只要他们内部产生间隙，则朝廷无忧矣！”
西太后也点头道：“甚好！这样一来，可使双方互相监督都得听从朝廷处置。那么，就准你们所奏吧，姐姐你看呢？”东太后点点头，她生性淡然，更无意政治上的尔虞我诈。
奕?又道：“李旭有功于朝廷，军机处以为晋其爵位，授其军号，将旭营从湘军中分离出来。如此既施恩于其又便于分化管制！请太后圣断。”
西太后点点头，说道：“就这么办吧。”
十一月中旬，朝廷旨意到达旭营，谕李旭护驾有功，办事勤勉，晋男爵，授旭营军号义勇，独立成军。撤编江西绿营通归义勇军辖制。给予李旭专折奏事之权！
接到这通上谕，李旭大喜。爵位他不在乎，但是独立成军是个好事，意味着他可以名正言顺地扩军备战，只要军费允许！
李旭赶到紫禁城拜谢天恩，隔着黄幔向两宫太后谢隆恩表忠心。走完一套程序，他又来到军机处拜见奕对李旭笑道：“续之，太后本有意让你留京听差，是本王执意将你外派回赣，不会怪罪本王阻了你的前程吧？”
李旭大喜，心想留我在京那才是要了俺的小命咧！他连忙说道：“末将一颗红心两种准备！末将就是一块砖，哪里需要哪里搬---要我干啥我干啥！”
“哈哈，续之这个态度好哇！虽然义勇军列为朝廷经制，不过义勇军的军费只能给你二万人的名额，也就是每年二十万两而且还只能分期拨付！剩下的也就只能靠你自己想办法了---朝廷的难处还望续之体谅啊！”
“多谢王爷费心了！末将明白朝廷的苦心岂敢贪心不足？王爷放心，末将绝不给朝廷添乱！”
“甚好！续之打算何时返回南方？”
“回王爷，末将打算将部队暂时在西郊休整一月，待军需补充到位后即率部南下，取道直隶、河南、安徽。”
奕?点点头，起身走了两步，说道：“自江南大营被贼所破，朝廷绿营在南方几无军力。目下能与长毛周旋的也就只有湘勇了！两宫太后已有意将剿匪一事委诸曾国藩，估计明年初即颁上谕命其为两江总督，节制苏、浙、皖、赣四省军务…续之以为如何？”说完，目光炯炯地瞧着李旭。
李旭一惊，电光石火间心中一动，看来朝廷是不放心啊！不仅对曾国藩心怀疑虑，就是对自己也要看看态度！他马上起身恭谨说道：“回王爷，末将一介武夫岂敢置喙朝廷决断！曾大人是末将老师，学生不敢妄议！一切惟王爷马首是瞻，末将只听朝廷将令！”心中暗道难怪奕?人称鬼子六啊，果然狡猾狡猾的！
奕?显然对李旭的表态很满意，笑道本王没有别的意思，续之不必多虑！两人又闲扯了一会儿，李旭告辞回营。
月底李旭将在京城养好伤势的官兵接回营中，一些重伤员已经无法随军战斗了，李旭命杨三率人护送伤员和烈士骨灰返回江西妥善安置。原教导队军法官林汉因为伤势严重抢救无效而不幸去世---这是旭营成立以来第一个战死的中级军官！
李旭十分伤心，为所有战死沙场的官兵组织召开了一个追悼会，亲自主持并致辞，总结了死者光辉战斗的一生，高度赞扬了他们的丰功伟绩！李旭命令以后部队官兵因公牺牲都要开追悼会，缅怀先烈，追忆功绩，鼓舞士气，激励生者！
十二月初，李旭请示兵部批准后移防京郊海淀，驻扎在圆明园附近。李旭将部队全体官兵带到圆明园，他望着大火焚毁后满目疮痍的圆