到了天启二年的三月末，西苑的春景无限好，朱由校却没心情去看。皇帝在文华殿暖阁的御座上阅览熊廷弼发过来的军情文书，在台下的杌凳上，内阁首辅孙承宗紧张地端坐着等候圣上问话，气氛紧张的他连大气都不敢出。
“先生，你应该看过辽东的塘报了吧，有什么高见吗？”天子先打破了沉默。
“回陛下，臣认为孙得功叛乱只是偶然，熊廷弼有失察之责，但他再次击退努尔哈赤也算有功，可算功过相抵。圣上对熊廷弼用言语斥责或者罚俸表示惩戒即可。这样辽东军心不乱，抵御外敌。陛下也可高枕无忧。”孙承宗回答道。
“先生太自信了吧，哪里来的高枕无忧，这是锦衣卫给朕关于孙得功的抄家名单，你好好的看一看。”说罢，朱由校扔给首辅一个奏章。孙承宗接住之后，打开阅读。
从孙得功家里的抄出来的宝物有：珊瑚树、琥珀、珍珠、沉香、玉带、赤金首饰、玉壶、犀角、玛瑙、各种金银杯盘、貂皮、狐皮、虎皮、绸缎、琉璃灯、镀金铠甲、苗刀等财产。这些出自南海北国，乃至名山大川的全国稀有的罕世之宝和珍品，竟集中于一个塞外的总兵之家，真是令人惊叹不已。
“首辅大人，朕在怀疑每年数百万两军饷究竟是发给拼死打仗的士卒手里，还是发给孙得功这样里通外国的王羔子手里！”朱由校大吼道，他从御座上站起，在文华殿不耐烦地踱步，嘴里说着什么“该死”、“混账”的气话。
“锦衣卫还说孙得功的豪宅结构宏杰，甲于城中，重门复室，金碧炫耀，瓷砖石砌，雕刻奇形，文垣彩墙，穷极华丽。朕的军饷是发给这样的小人，帮他建园林享乐吗？”天子又怒气冲冲地说道。
“圣上息怒，这样的小人确实是百死不能赎其罪。”
“你作为内阁首辅还兼任兵部尚书，掌管着京城的军防。像这样的总兵，发现一个杀一个，明白了吗？”
“老臣明白，老臣明白。”
好不容易消了火，朱由校很是沮丧地回御座上瘫坐着，他有气无力地问道：“先生，像这样的总兵在我大明有多少？”孙承宗沉默半晌不能回答。
“算了，这个问题确实是刁难你了，但你心里要有数，朕不能容忍这样的情况。”
“谢陛下的谅解，臣一定防微杜渐，为帝国选良将，除叛逆之人。”
内阁首辅退下去做事，朱由校收起了怒容，在龙椅上n沉思。天子发这么大的脾气其实是装出来的，他故意要警告一下孙承宗，让他对总兵们要严格一些，不能宽纵。皇帝思索着这次谋反事件，像这种叛逆将领在真实的历史中帮了满清的大忙，他们可谓是入关定鼎江山的最大功臣。也是基于不信任辽东将领的缘故，朱由校积极地训练京军，以求扩大中央的力量来震慑地方。
想了很久，朱由校决定宁在直中取，不向曲中求。他直接写了一道圣谕发给熊廷弼，内容分成两方面，一部分是批评熊廷弼没有很好的管理地方，致使谋反发生另一部分则是要求他严查将领是否有贪污军饷的情况，如有发现，严惩不怠。
其实像王化贞这样的叛徒，朱由校倒是并不太在意。战争时期，能改变局势的还是带兵的将领。这样的只知功名利禄不知忠孝节义的无耻文人，皇帝不把他放在眼里，随便捏个罪名杀了就行。王化贞在历史上是满清占领辽东的大功臣，是明朝的猪队友。投了满洲，不过是换了个主子继续当猪队友罢了。
前些日子发生了一场地震，现在大震没有，小震不断。朱由校派官员去赈济灾民，帮助百姓重建家园。皇帝看了看天色，还未到傍晚，他便乔装打扮上街去看看百姓的生活如何。
在北京的大道上，一街两行错三落五到处是高粱秆搭起的窝铺。从京郊一带逃来的难民，个个面黄肌瘦，有的烧干苞米棒子，有的在太阳底下捉虱子，还有用毛巾裹着冷饭团子啃乌烟瘴气的，散发着一股一股霉臭不是霉臭、焦糊不是焦糊的怪味。
朱由校看到这样的场面，心里很不舒服也很疑惑，因为他已经调出赈灾款项，为何难民还如此的凄惨。皇帝回宫以后立马派锦衣卫调查赈灾之事，果然有人贪污这百姓的救命钱。天子又举起了屠刀，凡是参与的官吏杀无赦。同时，他委任以清廉闻名的御史杨涟继续赈济灾民，皇帝叮嘱道：
“要舍饭，开粥场。杨涟，你听仔细：饭，一日两舍，插筷子不倒，毛巾裹着不渗，凉饭团子要手拿着能吃。京城地面不许饿死一人，拐卖儿童的拿住要宰几个。朕还要求你组织京城的官军帮百姓建房子，听懂了没有？”
“臣一定恪尽职守，让百姓有家可住，有饭可吃。”杨涟在接到职务之后，就风风火火地去做事了。
杨涟是东林党的骨干，他辛勤工作的时候，东林党的其他人在开宴会，宴会的组织者是钱谦益。这场宴会有政治目的，东林党的大佬邹元标想在京城讲学从而进一步的聚集官僚到东林党身边，以求更大的政治势力。偏偏很巧，在这场宴会有一位不速之客，刑部侍郎温体仁也来参加这场酒席。
温体仁本来不愿参加这样的宴席，怕别人说他是结党营私。但是他敏锐地感觉到东林党势力的逐渐扩大，他与陛下交流过几次，也细心留意过皇上对这些党徒的态度。天子不会容忍这样一股政治势力干预朝局。温体仁想不能对此退避三舍