崇祯十六年一月底，李自成已经率领大军助罗汝才攻破西安，在城中死守的卸任总兵尤世威等人，因为双手沾满了起义军的鲜血，在城破以后，全部被李自成下令处死。
占领西安以后，李自成立即部署扫除明朝在西北地区的各个据点，以便为回师太原部署东征解除后顾之忧。
具体部署是：李自成留罗汝才镇守西安，自己亲率袁宗第、李双喜、刘体纯、李友、吴汝义等部中营和右营精兵，继续扫除西北剩余明军据点；李过则率领后营主力南下汉中，打通南下四川的孔道；贺锦等部则西向追击逃亡明军，沿途攻取宁夏、甘肃、西宁等地。
二月间李自成衣锦还乡，回到自己阔别多年的故乡米脂，受到了当地百姓的热烈欢迎。在此前明廷已经掘毁了李自成的祖父和父亲的坟墓，遗骸焚弃无遗。李自成这次重返故里，只杀了参与策划伐墓的一个当地劣绅，此外秋毫无犯。
他还派遣了礼政府侍郎刘昌和姜学易二人，前往重修祖坟致祭。除此以外李自成又重金访求其故人、宗亲，赠以金帛，并改延安为天保府，米脂为天保县，清涧为天波府。
李过的南下汉中也十分顺利，沿途州县望风归附，二月十二日李过进抵城固县，只花费了一天时间就攻破县城。驻守当地的明军企图逃往四川，但在途中被李过率部截击，被迫投降。
只有防守汉中府府城城的高斗枢、黄澍、王光恩等人，因为他们多与闯军有仇，自知如果落到义军手里就没有活路，所以坚决顽抗李过大军的进攻。
高斗枢和王光恩又在郧阳坚守的经验，黄澍又自恃曾在开封城下数度挫败闯军，所以他们一面向四川方面增援，一面以闯军将要屠城来恐吓汉中军民，动员百姓修缮城防。
但由于此时李来亨麾下的武岳节度使高一功，在从张献忠手上夺取湖南岳州的控制权以后，又在崇祯十五年年底数度窥伺长沙一带。张献忠认为西营和闯军的力量对比悬殊，便决定放弃已经占领的湖南中部和南部地区，与他的老朋友贺一龙和马守应两军汇合，决定强行通过楚闯控制区，夺取易守难攻的四川作为基业。
因此四川方面也是泥菩萨过江，自身难保，根本不能给予高斗枢、黄澍、王光恩等人期待的援军。经过数昼夜的激烈攻防以后，王光恩感到无法继续抵抗李过的进攻，于是说服高斗枢等人，趁夜逃往四川。
途中明军因遭到李过追击，伤亡惨重，黄澍化妆为难民逃走，下落不明，高斗枢和王光恩则蹿入四川。
汉中地区平定后，李过便委任曾在明廷陕西兵备道樊一蘅麾下任过标将的降将贺珍镇守汉中，自己返回西安。
贺锦则统领偏师继续向西进军，迫降固原以后，又接着由陕西凤翔向巩昌推进，占领巩昌府后，所属州县都不战而下。
在宁夏方面，义军的檄文一传到，明朝巡抚李虞夔和分封在这里的庆王束手无策。庆藩宗室和文武官员聚集在王府里经过一番商讨之后，决定投降。李自成命明监军道陈之龙为宁夏节度使，以投降总兵牛成虎镇守该地。
固原、宁夏等地平定之后，明廷在西北的残余据点就剩下了甘肃、青海等比较僻远的地方。由于甘肃一带地方较远，李自成就先行返回西安，将继续西征的任务交给了贺锦和中营战将党守素、辛思忠等人。
三月，贺锦领兵向甘肃进发，一举攻克安定，金县开门迎降，兵锋直抵兰州。明朝甘肃总兵马、副将欧阳衮等人见形势危急，劝肃王西奔甘州，征兵固守。但肃藩驽马恋栈，没有采纳这个意见。马等人便自行逃往甘州，贺锦遂直取兰州，肃王仓皇逃出城外，被明朝卸任总兵杨麒派人擒获，当作自己投诚义军的见面礼。
贺锦厌恶他卖主以牟取富贵，既不忠于明王朝，也不是真心投顺起义军，因此，他不仅处死了肃王，也把杨麒父子斩首。这种做法虽然让不少人感到快意，但也激起了尚在观望中的明廷文官武将强烈的反抗情绪。
贺锦留下党守素镇守兰州，自己统兵继续西进。明军凉州、庄浪二卫先后投降，义军进迫甘州。甘肃巡抚林日瑞、总兵马等人组织顽抗。由于天气转暖，义军战士意气风发，辛思忠亲自上阵率部连续攻城，官军士卒都是被驱迫上城防守，见状纷纷倒戈投降，闯军得以胜利地夺取了甘州城。林日瑞、马等都被处死。
闯军胜利占领甘州以后，肃州等地也不战而下。贺锦在各府州县派设了官员，安抚地方，甘肃全境遂处于闯军政权的完全控制之下。
这时，奉贺锦之命进取青海的义军将领鲁文彬，领兵进抵西宁，被青海土司祁廷谏、鲁胤昌等击败，鲁文彬被杀。贺锦闻报后，亲率大军从甘州驰赴西宁，因为我众敌寡，贺锦没有多做考虑，强行率部闯入异族杂处的青海土司地区，不幸遭到土司兵伏击，虽然凭借一腔血勇，阵斩鲁胤昌，全歼其众，可还是不幸中毒箭牺牲。
贺锦部下的将士悲愤填膺，决心为主将复仇，在辛思忠率领下攻克西宁，生擒土司祁廷谏，将当地叛降不定的土司首领大部处决，彻底平定了自明朝以来就动荡不定的青海地区，剩余土司纷纷归附，党守素便提议将这些人全部迁徙西安居住。
这以后李自成又委任了明朝投降的关西道周伯达为甘肃节度使，升党守素为制将军节制之；西宁青海地区，则由于地处