人类的工作在继续，因为他们不知道下一名使徒什么时候降临。
不过有一点可以确定，只要使徒降临，那么一定会伴随着羽戊良这只哥斯拉的乱入。
两者之间不知道有什么联系，但一定会伴随着出现，不是人类的朋友，同样将使徒视为敌人，甚至是食物，以使徒身上的“s2机关”为食。
“碇，看样子，不知不觉已经走到了最终阶段，你的计划，看样子要实现了啊。”
在nerv总部的秘密会议室中，仅有碇源堂和冬月耕造两人，他们脸上都没有太多表情。
“确实，但计划并不百分百安全，至少在所有使徒没有被消灭之前，并不是。”
碇源堂保持一贯冷冰冰的作风，双眼凝视着前方。
“‘钥匙’已经找到，也插入钥匙孔中，甚至大门已经打开了一丝缝隙，但是……”
“这把‘钥匙’还不够纯粹，不够彻底！”
其实在与第九使徒和羽戊良对战的时候，初号机差一点就完成了最后的觉醒，虽然可能会因此引起“第三次冲击”，但这一切都是值得的。
而且碇源堂根本不在乎整个世界会变成什么样，或者死多少普通人。
他要的结果只是计划能够顺利完成！
冬月耕造看了一眼碇源堂，淡然道：“恐怕这一次我们时间不多了，初号机的驾驶员，你有何打算？”
“……”
冬月耕造所说的碇源堂心中有数，开口回道：“这是理所应当的，已经来了那么多使徒，全部无功而返，恐怕‘上帝’也会着急。”
“不用担心，现在已经没有人能够阻止这一切，进化，势在必行！”
想到碇真嗣，已经当时宁愿违抗自己命令也要唤醒前者的绫波丽，碇源堂眼中露出思索的神色。
这一切似乎脱离了碇源堂的计划，但好像又全在他的掌握之中，不过面临什么样的情况，他依然保持那副冷漠的脸，处变不惊（真的不是面瘫的关系？）。
“丽，你去休息一下吧？”
另一边，左手打着石膏的葛城美里前来看望依然昏迷的碇真嗣，看到旁边的绫波丽，关切地打招呼道。
因为绫波丽在关键时刻违抗了碇源堂的命令，导致原本应该觉醒的初号机没能完成最终觉醒，因此受到了禁闭处分。
不过这个处分也只是形式上做个其他人看的，现在明日香下落不明，生死未卜，能够驾驶eva的驾驶员少之又少。
一旦使徒再次降临的话，绫波丽还是要重新驾驶eva披挂上阵的。
“美里小姐……”
看到是葛城美里，绫波丽露出浅浅的微笑，稍纵即逝，摇了摇头，回道：“没关系的。”
绫波丽的话语还是那么简短，语气中带着一丝清冷，红色的眼眸中看不出情感的波动。
葛城美里不再多说什么，目光转向尚未苏醒的碇真嗣。
由于初号机的原因，也不知道碇真嗣的情况究竟如何，目前从外表来看没有什么问题，只能静静等待他醒来之后才能做出定论。
“嗯？”
突然，碇真嗣的睫毛动了一下，随后缓缓地睁开了眼睛。
在碇真嗣的眼眸中，透露出一丝深邃，呆呆地看着天花板。
还不等惊喜的绫波丽和葛城美里开口，碇真嗣莫名其妙地说了一句：
“他（她？它？）来了。”
（下面开始，除了第十使徒这个家伙与剧场版一样之外，剧情方面作者君将会有巨大的调整，原著党请勿介意。）
……
“全员第一种战斗配置！”
不出所料，使徒降临的时间大大缩短了，没过多久，第十使徒便开始入侵，人类对第三新东京市的修复工作甚至还没有完成50。
或许这一次，就是关乎人类存亡的最后时刻。
“准备地对空迎击战！”