八月，发生政变，何进被杀，董卓进京，掌控朝政。董卓意欲废黜少帝刘辩，拥立陈留王刘协为帝，便召文武百官商讨，当时无人敢言，只有卢植独自一人出来反对，董卓大怒，下令将卢植处死，蔡邕为其求情，而议郎彭伯也赶紧出来劝阻董卓说：“卢尚书是海内大儒，士人之望！如今若杀他，天下人都会震惊失望。”董卓这才作罢，仅将卢植免职而已。
避居上谷
不久，卢植以年老身体不适为由，请求返回家乡涿县。等董卓批准后，卢植便走小路离开雒阳，董卓果然派人追杀而不及。卢植便隐居在幽州上谷郡，不问世事。
公元191年（初平二年），袁绍取得冀州，拜卢植为军师。。
公元192年（初平三年），卢植逝世。临终前，卢植让其子挖土穴薄葬，不用棺木，只有贴身单衣而已。
公元207年（建安十二年），曹操率军北伐乌桓，途径涿县，下通告称赞卢植的生平，并派人为其扫墓。其子卢毓，后来官至司空，有名于世。