一九一三年三月二十七日，梁启超在写给女儿梁思顺（令娴）的家信中：“宋氏之亡，促吾加慎，刺宋之人（真主使者陈其美也），胪列多人，我即其第二候补者，今将彼宣告文剪寄，应某谋北来刺我，二十日前蜕丈已电告矣。”
看来，梁先生也认定陈其美是刺杀宋教仁的幕后指使。
但是陈其美和宋教仁交情深厚，又同为一个战壕里的同志，而且宋被刺时，陈就在身边，事后表现也可圈可点。在宋案中，虽然陈其美疑点重重，但并没有直接证据证明陈其美就是杀宋的幕后黑手。
那些宋陈恩怨，不过都是捕风捉影。
如果袁世凯、赵秉钧、陈其美三人都不是幕后指使，还有别的人吗？
其实除了袁世凯、赵秉钧、陈其美三个嫌疑人之外，“宋案”的幕后指使者，从现有的资料看，至少还可能是另外两个人之中的一个。
其一，是洪述祖。
《张溥泉先生回忆录、日记》说：“宋遁初被难后，洪自南来，又见总统一次。总统问及遁初究系何人加害？洪曰：‘这还是我们的人，替总统出力者。’袁有不豫色。洪见袁颜色不对，出总统府，即到内务部告假，赴天津养病。”
张溥泉：字溥泉，河北沧县人。一八九九年留学日本。一九零四年参与创立华举会，一九零五年参加同盟会。武昌起义后，任同盟会交际部主任、国民党参议。一九一三年当选第一届国会参议院议长。自一九一七年后任护法军**驻日外交代表、军**顾问。一九二零年任广东军**顾问。
张溥泉是老同盟会会员，他的话可信度高。
后据袁二公子袁克文回忆：“家父曾说：‘我代人受过多得很，从未辩过。我虽不杀遁初，遁初亦因为我而见杀，怎么辩呢！明事理的人一定察觉出，如果我想杀他，不必一定招其来而杀之。我完全可以等他来了后，陷他以罪杀他，何必要数次邀请他，乘他将行而杀之？这明明是授人以柄，愚夫也不会做这等傻事。’”
如果上边《张溥泉先生回忆录、日记》所记，洪述祖和袁世凯见面和对话确有其事，那袁世凯对刺杀宋教仁是不知情的。而是做为袁世凯的手下的洪述祖，求功心切，私下安排人员刺杀了宋教仁。这一点，从想邀功请赏的应桂馨后来的表现可以看出端倪。
有个史料记载，袁世凯曾嘲笑洪述祖，说他净说空话不干实事，这话是有针对的。此前，洪述祖曾说过能拿来陷害宋教仁的材料，从袁世凯处预支五万块钱赏钱，结果赏钱拿出去了，一无所获。
所以，当洪述祖说，应夔丞可以搞到构陷“孙、黄、宋”（孙中山、黄兴、宋教仁）的东西，再要钱的时候。袁世凯要求先把东西拿来，再说钱的事情。
应夔丞想的是空手套白狼再骗30万块钱，洪述祖发现应夔丞是在骗他，觉得没脸见袁世凯，也没办法向大总统交代。
被嘲笑不干实事的洪述祖决定干一件实事，他马上告诉应夔丞拿不到材料的话就趁机下手。因为，他可能不只一次的听袁大总统说过，宋教仁如果当了国务总.理，可是比唐绍仪当国务总.理更要麻烦得多。洪述祖自以为是的“揣摩上意”，以为袁世凯要除掉宋教仁，便有了洪述祖主谋刺杀宋教仁地自作主张。
或许，洪述祖应该就是大家一直要寻找的元凶，在他得指使下，应桂馨又安排武士英刺杀了宋教仁。也正应了袁世凯所说：“我虽不杀遁初，遁初亦因为我而见杀。”
如果洪述祖是受袁世凯和赵秉钧所指使，有一件事让人百思不得其解：洪述祖在被处死前，都没有说出袁世凯或赵秉钧。那时，这二人已经死去，真要是他们指使的，洪述祖已经没有后顾之忧，相反可以减轻自己的罪行，他有什么必要保守这个机密呢？这是否也是个佐证呢？
但是，洪述祖在为自己辩解时，一直坚称：他给应桂馨电报中的“毁宋”，只是毁坏宋教仁的名誉，前面电文中关于搜集宋教仁“黑资料”方面的内容可以证明。而除“毁宋”外，好像再没证据证明是洪述祖指使应桂馨杀宋教仁。
因此也有另一个可能，是应桂馨自己把“毁宋”理解为“杀宋”。或者，应桂馨没把“毁宋”错理解为杀宋，因为“毁宋”的材料搞不到，干脆一不做二不休。
把宋杀掉，比“毁宋”干得更彻底，得的赏钱不就更多吗？这样的可能性，也应该是不能排除的。因此，杀宋教仁的主使人是应桂馨自己，这种可能性也是存在的。
宋教仁死后，人们情愿花大量的时间在“谁是主谋……”上，但大家都忘却了宋教仁的最后嘱托：“请诸位同志继续奋斗，以救国救民为己任，勿以我为念放弃责任。务必继续走议会选举、阳光参政、公平竞争的宪政民主之路。”
或许，做为一个敏锐的政治家，他应该预感到自己的死会干扰共和的大计。事实上宋教仁的担心恰恰成为了现实。
宋教仁的死，不但影响了他死后的政局走向，也宣告了袁世凯和革命党人蜜月期的结束。
孙中山回国后，与陈其美、居正等在黄兴寓所讨论对策时，黄兴主张以国事为重，以法律为正当解决办法，但遭到激烈派戴季陶等人的强烈反对。
孙中山站在了后者的一边，并极力主张起兵反袁。他的理由是：袁世凯是总统，而总统指使暗杀，这决不是法律所能解决的，能解