木叶48年，四代目波风水门继任火影，上一代三忍先后出走木叶，其后便是出现了身怀仇恨的神秘宇智波，对木叶展开复仇行动。
九尾之夜，波风水门漩涡玖辛奈夫妇丧命，宇智波与村中矛盾被激化，从而导致数年之后又一场动乱发生。
木叶54年，因为木叶老旧派高层的默许针对乃至推波助澜，宇智波发生内乱。
宇智波一族天才长老宇智波止水遇袭失踪，宇智波族长宇智波富岳之子宇智波鼬，刺杀数位宇智波高层后叛村，包括族长夫妇宇智波富岳和宇智波美琴尽在当夜遇难，剩余宇智波族人选择撤离木叶聚居火之国京都。
木叶宇智波一族，自此仅有原本的族长幼子宇智波佐助，与一对不知多少年纪的老夫妇看顾祖宅。
宇智波一族的离开让整个木叶震动不已，仅是当日便有大部分的千手族人离开，虽然很多千手已经像是普通忍者家庭一般融入村子，但依旧是有很多人做出了这个的选择，很大一部分族人离开木叶定居京都成为新的分家。
千手和宇智波都是如此，大部分的木叶家族，不论是秘术家族还是血迹家族，几乎都有精英族人前往京都另立分支，木叶村的精英力量几乎是被一分为二，以三代目为首的元老顾问团自然不满，但面对众多家族的坚持，最终只能选择视而不见。
此事之后，木叶实力大损，闷声发展多年才有所恢复。也因为如此，不曾另立分支的白眼日向一族，就此成为了木叶第一豪阀。
但是日向一族也因为日向雷之国云隐村意图染指白眼，而村子高层不作为之事与高层彻底离心，如今的木叶，繁华之下危机重重。