滁州城拿下后，整个长江北至淮河之间就连城了一片，都成了吴国公的地盘了，沐英将战报发往出，一份给远在江南的吴国公朱元璋，也一一通报给江北的各地驻军将军。
沐英留下狮威军一卫，由赵猛提司率部住扎在滁州城，担负守城责任，顾德强提司率狮威军二卫，前往江浦驻扎，负责筹集粮草、收集船只，准备大军南下。
沐英指挥使率中军营、铁鹰军回到山里老营整训，需要做的事还很多，首先是抚恤战死的军人，根据新兵名册，发放抚恤金，发多少呢？王正明提司请示沐英，沐英说：“发放多少抚恤金，直接关系到我们招多少新兵，每人按100两银子发放。”
王正明说：“是不是多了点？得五十多万两啊？”
沐英说：“发完抚恤金后，我保证在淮南地区，至少可以招到三万新兵。”
王正明又问：“伤残军人怎么安抚？”
沐英又制定了一系列条款，针对伤残士兵的安排。
沐英的想法是：士兵伤残后，基本上失去了生存的能力，有的甚至连生理能力都没有了，所以，对伤残士兵的安排，比死亡士兵的安抚更重要。
将山里的老营，改为伤残军士的安置地，成立新的机构——伤残护理司，由残疾都尉张大兴负责，金三明校尉从中军营挑选200士兵，协助张大兴管理。
第一、张家的大量土地都被没收后。每个伤残士兵分发5亩上号的良田、20两银子，以示奖励，伤残军人所分的土地，将来赋税减半征收或者免收；
第二、成立养殖养鸡场、养猪场、蔬菜场、将失去了种地能力的，由护理卫统一赡养；多余的土地由护理所对外出租，所得的粮食按每月供应给缺失能力的伤残士兵；能够做轻微劳动的，就安排到养鸡、养猪、做工等；
第三、给伤残军士找媳妇。成立作坊场，制作军鞋、被服，加工攻城器具等，伤残军士的家属在此做工，每月发放津贴、口粮。
第四、奖励全部有功的参战将士，按级别、功劳的大小发放奖金，提司级别最高1000两、都尉级别最高500两银子、校尉级别最高100两、伍长50两、士兵5两。该提升的予以提升。
山里的老营，留下来的200士兵，负责警戒、维持秩序，保护伤残军人的安全。
护理卫由张大兴都尉负责统管，下辖各个分部，选出分部的校尉，按军事编制进行管理，所需物资、钱粮由王正明负责下拨。
死亡士兵和伤残军士的抚恤金发放后，淮南、淮北一带沸腾了，要知道一两银子可以买一担粮食，一担粮食可以让一个家庭生活一个月，100两银子节俭点花，让一个贫困家庭可以生活三年左右。兵荒马乱的年月，人命是最不值钱的，当死亡士兵家属拿到了抚恤金后，那些家里有少年、青年的，都开始找沐英指挥使的军队，踊跃报名当兵了。
五天内，各处共招募了新兵三万多人，后续的招募还在进行，王正明将自己原有的五千兵，分拨到了各部，补充伤亡较大的军队，留下百十来个老兵，开始训练三万多新兵。
滁州战事结束后，先生要求沐英将部队精简，撤销狮威军、铁鹰军，只保留虎威军一个番号，以免树大招风，神机营化整为零进行分散。沐英根据此战的利与弊、优与劣，对军队进行了重新调整：
指挥使：沐英副指挥使：王顺、赵猛
一、虎威军一卫：陈达金为提司，共计一万二千五百人，下辖六司一队，其中：四个步兵司（8000人）、分别由戴宇亭、陆大可、李立、徐德武四个都尉统领；一个攻城司（2000人）、由张兴统都尉领；一个骑兵司（2000人）、由金大锅统领；一个亲卫队（500人）、由李金功校尉统领。
二、虎威军二卫：潘成龙为提司，共计一万二千五百人，下辖六司一队，其中：四个步兵司（8000人）、分别由余蒙、于德利、陈煜、史向南四个都尉统领；一个攻城司（2000人）、由邓崇统都尉领；一个骑兵司（2000人）、由蒋忠宁统领；一个亲卫队（500人）、由张宇霖校尉统领。
三、虎威军三卫：赵权为提司，共计一万二千五百人，下辖六司一队，其中：四个步兵司（8000人）、分别由林世杰、徐武红、徐玉峰、张拓四个都尉统领；一个攻城司（2000人）、由陈集统都尉领；一个骑兵司（2000人）、由易科统领；一个亲卫队（500人）、由郝大红校尉统领。
四、虎威军四卫：顾德强为提司，共计一万二千五百人，下辖六司一队，其中：四个步兵司（8000人）、分别由史向北、赵思飞、陈奋、尤德忠、郝一霖四个都尉统领；一个攻城司（2000人）、由金德三统都尉领；一个骑兵司（2000人）、由易科统领；一个亲卫队（500人）、由赵峰校尉统领。
五、虎威军五卫：张兴武为提司，共计一万二千五百人，下辖六司一队，其中：四个步兵司（8000人）、分别由张向英、张向雄、李军、涂仁峰四个都尉统领；一个攻城司（2000人）、由向杰都尉统领；一个骑兵司（2000人）、由解卫都尉统领；一个亲卫队（500人）、由张进校尉统领。
六、中军营：由赵猛副指挥使代管，五千步兵，由陈平都尉统领；5000精骑兵，由涂永都尉统领。中军营是指挥使机构的亲卫队，随指挥使机构一起行动。
七、后辅司衙门:由王正明提司统管，掌管5000士兵