王允为博得董卓的信任，曾做出许多过倒行逆施，丑态毕露的行为，蔡邕知道得一清二楚。留下他，怕他写下泄露自已底细的谤言，所以，王允不肯放过他，必欲除之而后快。
不久蔡邕终被害死在狱中，享年61岁。
天下无论是官是民，闻听者无不叹息流泪。王允后来也有懊悔之意，但已经来不及了。
他杀了蔡邕，一无好处，仅仅出口胸中的郁闷之气，却换得天下人寒心，树敌无数，擅杀蔡邕一人的恶劣影响，要远远大于董卓杀了千百个草民，实在是一件得不偿失的蠢事。
马日磾出宫仰天叹道：
“王司徒是要断绝后代的呀！善人是国家的纲纪楷模，修史是国家的典章，他灭纲纪，废典章，岂会长久呢？……”
王允杀害蔡邕，使他大失天下士大夫之心。公卿百官也开始心存畏惧，对王允疏远起来。