在日军对晋东南根据地进行“第二次九路围攻”之际，国民党军频繁制造磨擦，发起反共高潮。
1939年初夏，彭总从延安出发，只带十余个警卫人员和电台，经西安到洛阳会见卫立煌，商谈解决国共磨擦的问题。彭总在返回集总途中，走山路，到达太南344旅旅部。
集总在垣曲县黄河渡口北边的关家村设立办事处，当地称18兵站，以后又在阳城、晋城、高平和壶关等地设分兵站。这些兵站掩护、接送了许多重要的干部，朱总、彭总即由此经过了几次。兵站属八路军供给部管辖，后来，由于国民党破坏，这些兵站大部都撤掉了，但其历史作用不可低估。
彭总来的时候有晋豫边区两个连护送，彭总事先说过不必惊动。要不要再派部队去接？黄债务和韩参谋长商量了半天，为保证彭总安全，还是决定派1个骑兵连连夜赶去途中，黄政委亲自赶往平顺迎接。彭总见了黄政委就批评：
一大队人马像接新娘子，搞这么热闹做什么？
黄政委向彭总汇报了国民党军队向344旅及太南区“磨擦”进攻的情况。彭总说他准备部署先打朱怀冰部。
黄政委表示，这个仗有必要打，但目前国民党军队已经与八路军建立了统战关系，需事先请示一下延安。
彭总说，请示中央已经来不及了，先打再说。这时，韩参谋长也说，朱怀冰等部实在过分，十分不利于抗日行动，如果不打一下，这些人会更加猖狂。最后，彭总决定一面报告延安，一面指挥调动部队迎敌。
接着，344旅和五专署在石村东阁外召开党政军干部联席会议，彭总在会上讲了话。彭总还亲自到687团驻地高平赵庄，看望指战员并作形势报告。
彭总和黄债务到附近看望了一位下野的辛亥革命老人，然后回到驻地，与韩参谋长等人一起谈对时局的看法。
黄政委重点分析国民党顽固派与日寇两种威胁的关系。他说，当国民党顽固派与日寇勾结，向我们进攻、骚扰，逼我忍无可忍的时候，应予以自卫打击；但如能和平相处，或他们也遭受日寇进攻的时候，可仍视其为友军，助之以力，以扩大政治影响，也可以适时利用矛盾，发展我们的队伍。
1939年6～7月，河北民军总指挥张荫梧制造深县惨案，惨杀八路军后方机关400余人，袭击、抢劫赞皇工作团及八路军独立支队第2大队，杀害八路军工作人员10多人。
白党第39集团军总司令、冀察战区副总司令石友三勾结日军，在冀南疯狂袭击抗日武装，破坏抗日民主政权，杀害抗日干部和群众。
344旅按照中央的策略方针，率领部队采取既坚持自卫原则，又教训国民党反共顽固派的方针，取得了一系列军事行动的成功，政治影响也很好。
7月15日，日军占领沁水、阳城，344旅在晋豫边支队配合下，频繁打击敌人，使敌始终站不住脚，不得不于8月下旬撤出阳城、晋城、沁水等处，北移长治。
在反“扫荡”中，八路军129师385旅和386旅、115师344旅、晋豫支队、总部特务团及抗日决死第1、第3纵队等部，进行大面积运动游击战，共作战70余次，歼日伪军2000余人，收复了榆社、武乡、沁源、高平等县城。
8月中旬，687团主力于高平东北张壁村一带活动，并于南、北李村公路设伏，经激战，毙伤日军120余人。
8月17日，687团在高平县以北三甲镇两次伏击由河南博爱北犯的日军第36师团600余人，激战后毙伤敌100余人，缴获轻机枪2挺等武器物资，我伤亡10人。
至8月底，太行山区反“扫荡”取得了胜利之后，八路军又再接再厉，广泛出击，突入白晋公路的日伪据点。
1939年底，为了配合八路军129师作战，344旅主力奉命参加由129师指挥的邯长战役，在邯长大道全线展开破击战。
参加这次战斗的还有晋冀豫军区（八路军129师后方司令部）一部。这时，689团已调回归建，执行保卫集总机关的任务。
12月8日，战役展开。
14日，旅部命令，派687、688团投入战斗，协同129师特务团阻击由潞城东退之日军，并袭击赵店镇、黎城、停河铺、东阳关、响堂铺等地日军据点，伏击日军运输队，阻断敌之交通。
22日晚，旅部又下达了命令，派出687、688团各一部，配合八路军129师特务团迂回作战，溃敌500余人，攻克赵店镇。
23日，129师特务团在第385旅769团配合下攻占黎城，守城日敌900余人弃城东逃。
24日，旅部指挥344旅参战部队，配合385旅769团猛袭涉县城，先遣支队袭击涉县城东北之井店，经过彻夜战斗，于25日收复涉县、井店、响堂铺等据点。
东逃之日军沿途又遭青年纵队第2团及晋察冀军区部队打击，除少数从西南绕关夺路逃窜外，大部被歼。八路军乘胜追击，
26日下午，涉县、武安县之间的几十个据点全部收复。
邯长战役胜利结束，八路军打败日军第36师团、独立混成第1旅团和伪军各一部，共毙伤日伪军700余人，击毁汽车9辆、火车机车和军厢12辆(节)，拔除日伪据点23处，使太南、太北连成一片。此役，我军伤亡200余人。
12月28日，344旅一部乘胜收复山西潞城县城，这一行动掏了敌人心窝子，使他们愈加孤立被动。
344旅在冀鲁豫和太行山区两地进行抗日战争，取