燕王和姚广孝敏锐地意识到，长此下去，别说夺取朝廷政权，就是生死存亡都很难预料。在这危急的关头，姚广孝不愧为一个出色的谋略家和军事家，他在总结了三年的作战得失后，提出了令人难以想象的奇谋，这就是：“毋下城邑，疾趋京师。京师单弱，势必举。”这一奇谋的提出，燕王没有想到，建文帝更没有想到。谁敢出这样的计谋啊？谁能想出这样的神机妙算啊？燕王高兴地说：“频年用兵，何时已乎，要当临江一决，不复返顾矣。”而燕王按照姚广孝的谋略，甩掉了朝廷部署在北方的重兵，在其兵力薄弱的地带穿插突进，竟然在短短四五个月中攻到长江北岸，与京师仅有一江之隔。
至此，建文帝惊恐失措，无计可施，只得请求割地求和。燕王已稳操胜券，攻取京师只在旦夕，因而对建文帝的求和置之不理。朱棣挥师自瓜州渡长江，建文帝派兵迎战，均告失败。燕军兵临城下，建文帝政权岌岌可危，谷王朱橞、大将李景隆等开城投降，京师遂告陷落。宫中火起，建文帝不知所终。燕王朱棣进入京师，终于夺取了明朝的政权，当了皇帝，他就是赫赫有名的明成祖，定年号为永乐。
当朱棣得了天下之后，姚广孝却学起来张良，选择半退隐，继续做一个和尚，为了报答姚广孝的功劳，成祖让姚广孝蓄发，姚广孝不肯；成祖又赐给他府第和两名宫女，姚广孝也不肯接受，仍然住在寺院。在朝堂上，他的衣着和身份，不仅在当时独一无二，而且在历史上也是少有的，姚广孝以钦差身份前往苏湖赈济，这是一种特殊的荣誉。离别故乡二十余年后，他终于衣锦还乡了。但是，回到故乡时，他的父母均已去世。父母没有看到他的功成名就，这不免使他感到有些怅然。
姚广孝带着复杂的感情，将父母的灵位放进了少时出家的妙智庵，姚广孝回京后，养了一只雄鸡，每天听到鸡叫，他就起床，可谓“烈士暮年，壮心不已”。就这样，他度过了他一生中最后的十几个年头。姚广孝晚年最有成效的工作是先后主持了《永乐大典》和《明太祖实录》两部大书的编修。原来主持编修《永乐大典》的是解缙，解缙并没有理解皇帝编修这部巨书的宗旨。永乐二年二月，这部巨书完成后，定名为《文献大成》，上呈皇帝审阅。成祖对这部书不太满意，命姚广孝等人重修。永乐五年，这部包罗经、史、子、集、百家、天文、地志、阴阳、医、卜、僧、道等内容的二万多卷的巨书，在姚广孝主持下顺利完成，并更名为《永乐大典》。
姚广孝在学术思想上颇有胆识，史称他：“晚著道余录，颇毁先儒。”因而受到儒者的鄙视。他回家乡长洲看望同母姊妹时，不但不纳，反而将他大骂一通。去访问老友王宾时，王宾不见，只远远地对他说：“和尚误矣，和尚误矣。”在儒家思想统治和禁锢着人们头脑的明代，像姚广孝这样敢于诋毁批判儒家的人是不多见的。七十七岁的姚广孝再次受任监修官，主持《明太祖实录》的重新编修，直至他去世，大约六年多时间，他兢兢业业地完成了此项工作，他不是挂名的监修官，而是名副其实的组织者。这次修成的《明太祖实录》就是今天我们所见的三修本，这是一次真正的重修，所用的时间和全书的内容都大大超过了前两次的修纂。但是，成书后朱棣设宴赏赐有关人员时，为此耗尽余生的姚广孝却已经在两月以前与世长辞了。
姚广孝一生不脱袈裟，自有他的奥妙所在，他从十四岁起穿上袈裟，但一生积极从事政治活动和军事活动，交接王侯，策划密室，运筹帷幄，决胜千里，建立了不朽的业绩。他是一位穿着袈裟的政治家、谋略家和军事家。在朱棣夺取政权以前，姚广孝是和尚，在朱棣夺取政权以后，他仍然坚定不移地当和尚，因为这身袈裟为他的政治活动和得以善终做了最有效的保护。
朱棣在当了皇帝以后，姚广孝作为功高盖世的元勋，处在十分微妙的位置上。姚广孝具有清醒的政治头脑，他深知“狡兔死，良狗烹”和功高震主的恶果，他不能不有所防备，这就是他不愿意脱去袈裟的真正原因，他继续当和尚，实质上向朱棣表了一个态度，表明自己对权势是淡薄的，在政治上是没有野心的。朱棣因而对姚广孝放心了，反而使姚广孝的权势和地位更加牢固，得以安度晚年，善始善终。