不久，许进等返回说此地是宪庙皇亲柏权以及百姓的固定财产，不能没收。孝宗竟给了张鹤龄，同意其加税的要求，而令他补偿柏权土地的折价，免除百姓租额。周经等又进谏说：“东宫、亲王的庄田征税向来有条规，张鹤龄不应该单独享受优待。柏权是先帝妃子的家，也是外戚，名义上是补偿田价，实际是掠夺。天下将说陛下只优待皇后的亲戚，不念及先朝外戚。”孝宗终究不接受周经等意见。
周经，刚直正派，好竭力进谏，即使大大地违背皇帝的旨意也在所不惜，宦官、贵戚对他又怕又恨，太监李广死后，孝宗得到朝臣赠送李广资财的登记本，孝宗大怒。都察院衙门和监察御史因此弹劾诸臣相互往来的情形，有涉及到周经的，周经上疏说：“昨天科道弹劾廷臣巴结李广，将臣的名字框入其中，虽然蒙恩未被审问，实在感到委屈，自己无法辩白。人们巴结李广，是希望他在旁边帮忙说好话，以图得到宠幸罢了，陛下试想李广在时，曾经在陛下面前提及过臣没有？尚且交结赠送的登记本都在，请检查里面是否有臣的姓名。再严厉地审问李广的家人，臣只要有寸金、尺帛送李广的，请立刻治臣勾结之罪，斩首于市，来警告巴结无耻之徒。如果毫无牵连，也请为臣洗清冤屈，以望施展身手，始终侍奉圣明。如果令臣含冤忍屈，就是死了，眼睛也不闭上。”孝宗下旨对他予以安慰。
星相有变，周经自己上疏请求退休，孝宗同意了，赐他敕书、马车，加封太子太保，用佀钟代替周经。廷臣争相上奏章要求挽留周经，朝内外推荐周经的有八十余疏，都无结果。武宗即位，言官又推荐周经，下诏封他为南京户部尚书，因遇到继母去世而未到任。
周经女婿兵部尚书曹元正与刘瑾关系不错，他说周经虽年纪大但仍可任用，才召周经为礼部尚书，周经坚决推辞得不到允准，只好勉强赴任，任职几个月就称病离去。去世时终年七十一岁，追赠太保，赐谥号“文端”。