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万历二十三年，宣祖册封光海君为世子，并上表明朝请求批准。明朝答复：“继统大义，长幼定分，不宜僭差”，遂不许。光海君由是对明朝暗有怨言。
万历二十四年、三十三年，朝鲜再次上表请求易储，其时明朝也正为立储的事情闹得鸡飞狗跳，遂均不许——似乎光海君是受了郑贵妃和福王的连累。
宣祖末年，朝鲜国内在立储问题上也发生了激烈的争吵，因为当时宣祖仁穆王后已经生有一子（永昌大君，1606年生），弃嫡立庶，与儒家宗法观念不合。
朝廷中的北人党因此分裂为以李尔瞻为首、主张拥立光海君的大北派和柳永庆为首、主张拥立嫡子的小北派。小北派在光海君即位后受到打击，柳永庆被赐死，小北派分裂成清小北和浊小北，而大北派则又分裂成骨北、肉北和中北三派。
万历三十六年，宣祖大王病逝。事实上的世子光海君嗣位，并上表明朝，自称权署国事，请求册封。
万历皇帝恶其专擅，不予理睬。但是当时东北亚的国际形势已经发生了变化，新兴的女真势力对明朝构成了威胁。
为了确保东北边疆无虞，需要拉拢朝鲜，所以明朝在拖延了几个月之后，于是年十月乃册封李珲为朝鲜国王。
光海君从被立为世子到登基的14年间，明廷5次拒绝册封光海君（当时明廷也出现了与立储有关的争执。明神宗偏爱第三子朱常洵，欲立为太子，以礼部为首的满朝文武强烈反对。
最后，在1601年，明神宗辨不过内阁，只好立长子朱常洛（即明光宗）为太子。因此，明朝礼部多次以非长子为由拒封光海君，坚持立长不立幼的立场），这在朝鲜历史上史无前例，令光海君颜面尽失。
继位后，大明礼部仍拒绝册封光海君为朝鲜王。
在礼部的询问下，使臣李好闵声称临海君患有精神疾病，自愿让位于光海君，礼部于是派遣了两名使臣亲自前往汉阳拜访临海君求证。
朝鲜使用大量白银贿赂了使臣，终使礼部同意册封。1609年，敕使入汉阳，正式册封光海君为朝鲜王。
明廷的态度对光海君来说无疑是奇耻大辱，除了让光海君对大明心存芥蒂（致使日后不愿意出兵相助），更进一步加让光海君意识到只要临海君在世一日，自己的王位便坐不安稳，因此，临海君是非死不可。
李珲即位后，按照朝鲜仁祖后史书的说法，是“昏乱日甚，幽废母后，屠兄杀弟”。从事实来看，后两条倒也确实。
光海君即位后，宣布仁穆王后为废妃，囚禁在西宫（庆云宫）内，自己则搬到新修复的昌德宫（东阙）去住。
而对其王位威胁最大的两个人——其同母兄、宣祖长子临海君，和年仅两岁的弟弟，宣祖嫡子永昌大君，则分别于1609年和1614年被害。
李珲即位后不久，即有三司官员弹劾临海君。虽然光海君表示不忍，但是就在同一天，光海君未经推鞠审问，便采纳三司（即弘文馆、司宪府、司谏院）的提议，以私藏军器、阴养死士、在宣祖殡天当日密谋出兵篡位、私协武器入宫等四条逆反罪名将临海君流放，关押围篱。官员们没有对此提出异议，虽然此事由北人打头，但是南人和西人也不约而同地支持除去临海君。
之后，不断有上疏要求处死临海君，光海君没有首肯。1609年，临海君被流放地守卫李廷彪杀死。表面虽伤心欲绝，光海君却没有下令追查，也没有惩罚李廷彪，只让其呈上一份报告书。光海君为了避免背负杀兄的道德污点，以甸人杀害（指示守卫或地方官员秘密将流放的罪人处死，指示人通常为在位者，以此避免公开处死想要除去的人，保证自己公义正直的形象）的方式秘密处死了临海君。
七庶狱事发生在1613年4月，故亦可称癸丑狱事，一群西人党名门后裔（头目包括：故相朴淳之庶子朴应犀；故牧使徐益之庶子徐羊甲；故监司沈铨之庶子沈友英；故副相朴忠侃之嫡子朴致毅；西人党名儒金长生之庶弟金庆孙；故判书金睟之嫡孙金斐）以抢劫和谋杀的罪名被捕，其中一人坦诚欲拥立永昌大君篡位，引发党争，牵连无数，连仁穆大妃也被牵扯其中。一名被供出的高官朴东亮招供：宣祖病重时，仁穆大妃殿中宫女对懿仁王后之像施展巫术，以求延续宣祖之命（《光海君日记》的编写者亦有澄清，被诅咒之人其实乃光海君生母金氏）。经过一番推鞠审问，犯人供出阴谋的策划者乃仁穆大妃的父亲金悌男，并企图拥立永昌大君为王。一如光海君所愿，有人开始要求光严惩永昌大君与仁穆大妃。此时，朝廷却为了是否该惩处永昌大君和仁穆大妃而分裂成了支持与反对的两大派。后来由于光海君治罪言官严惺，事件发展为群臣与光海君之间的矛盾。在清洗了整个台谏（包括大司谏和大司宪，新任大司谏和大司宪分别是宋淳和李冲，皆为大北党）后，光海君终于压制了台谏的反抗之声，从1613年7月之后的7个月中，再没有人对此上疏。新任台谏献媚，主张严惩永昌大君，光海君借势下旨将其流放江华岛，以围篱关押。碍于稚子无辜，若公然铲除永昌大君只会显得光海君不仁不义，因此1614年，光海君再次采取甸人杀害的手段，指使江华府史郑沆谋杀了永昌大君，逆反主谋金悌男也被处决。
这样